shell 替换，匹配
摘要：>替换shell字符串： echo ${string/23/bb} //abc1bb42341 替换一次 echo ${string//23/bb} //abc1bb4bb41 双斜杠替换所有匹配 echo ${string/#abc/bb} //bb12342341 #以什么开头来匹配，根php中
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posted @ 2020-09-20 15:11
09 2020 档案
ln -s 软链接；cp 目录文件
摘要：ln -s a b #给a 建立软连接b（b原本不存在）；a可以是文件/目录。 如果a是目录，那么在cd b时实际上进入的a目录， 创建好后，会自动同步 如：ln -s ~/data2/lizhichao/Assembly/outdir ~/USER/lizhichao/Assembly/outdi
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posted @ 2020-09-20 15:04
Sambamba 安装 ，软件加入PATH使各级路径都可运行，所谓环境变量
摘要：最简单的方式是下载编译后的软件：*.static.gz 1.如： wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.7.1/sambamba-0.7.1-linux-static.gz2.gunzip sambamba-0.7.1-
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posted @ 2020-09-15 02:48
shell 判断字符串/文件是否存在
摘要：str="this is a string" [[ $str =~ "this" ]] && echo "$str contains this" 判断文件： if [ -f $fq1 ]then fq2=`ls /home/input${RGID}/*_2.fq.gz`else fq1=`ls /h
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posted @ 2020-09-15 02:37
shell 判断字符串/文件是否存在
摘要：str="this is a string" [[ $str =~ "this" ]] && echo "$str contains this" 判断文件： if [ -f $fq1 ]then fq2=`ls /home/input${RGID}/*_2.fq.gz`else fq1=`ls /h
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posted @ 2020-09-09 04:15
sed 取行，删行，新增行，替换字符串 ；grep 取匹配行
摘要：nl /etc/passwd |sed '2,5 d' 删除文件2-5行nl命令 输出的文件内容自动加上行号 sed [-nefr] [动作] 以行为单位 注意： 在-i 时，mac 与linux稍有不同，需要加空格，如 sed -i '' '/CMDCB0003112/d' 467gvcf.lis
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posted @ 2020-09-09 04:12
