R 遍历目录下所有子目录中的某类文件
testvcfdir="/jdfssz1/ST_HEALTH/P18Z10200N0124/qdNB/" testvcfList <- list.files(testvcfdir, pattern = "*.genotype.vcf.gz$", include.dirs = FALSE, full.names = TRUE, recursive = TRUE) test_vcf_sh <- c() content<-"" for (vcfFile in testvcfList) { sampleId <- unlist(str_split(basename(vcfFile),pattern = "\\*"))[[1]] content<-append(test_vcf_sh,paste("sh /jdfssz1/ST_HEALTH/P21Z10200N0047/lizhichao/zbolt_test/process/script/concordance.sh",vcfFile,sampleId,sep=" ")) } cat(test_vcf_sh,file="./run_conincidence,sh",sep="\n")
basename() 保留文件名
cat 可以输出文本,还可以存储文本/向量
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posted on 2022-02-18 14:00 BioinformaticsMaster 阅读(114) 评论(0) 编辑 收藏 举报