faidx提取fasta指定位置allele

提取指定区域的fasta

提取序列：

samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa

samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa

 

例子，

samtools faidx /hwfssz1/BIGDATA_COMPUTING/GaeaProject/reference/hg38_noalt_withrandom/hg38.fa chr6>chr6_faidx.fa

和我写脚本的输出结果md5sum一致

/zfssz4/BC_RD_P2/USER/huangshujia/projects/lizhichao/SARS-CoV-2/HLA_Typing/refchr6/exactchr6.py