faidx提取fasta指定位置allele
提取指定区域的fasta
提取序列：
samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa
samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa
例子，
samtools faidx /hwfssz1/BIGDATA_COMPUTING/GaeaProject/reference/hg38_noalt_withrandom/hg38.fa chr6>chr6_faidx.fa
和我写脚本的输出结果md5sum一致
/zfssz4/BC_RD_P2/USER/huangshujia/projects/lizhichao/SARS-CoV-2/HLA_Typing/refchr6/exactchr6.py
本文来自博客园，作者：BioinformaticsMaster，转载请注明原文链接：https://www.cnblogs.com/koujiaodahan/p/15905274.html
posted on 2022-02-17 16:36 BioinformaticsMaster 阅读(203) 评论(0) 编辑 收藏 举报
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