GATK GenotypeConcordance 比较vcf一致性:Sequence dictionaries are not the same size

处理多份vcf时，报GATK GenotypeConcordance:Sequence dictionaries are not the same size 

解决方案：统一header中的##contig=<ID=  部分

 

注：

1）脚本如下

gatk --java-options -Xmx3G GenotypeConcordance \
--CALL_VCF $testvcf \
--OUTPUT ${sample}_zbolt_microarray \
--IGNORE_FILTER_STATUS \
--TRUTH_VCF $baseline  \
--TRUTH_SAMPLE $sample && echo "${sample} done" 

 

2）GATK  GenotypeConcordance 相比 GATK Concordance的区别

　　GenotypeConcordance 在样本的genotype 水平统计,即FORMAT filed，统计GT,AD,AF等值 。

　　Concordance 在样本的site水平统计，即INFO field或REF/ALT fileds

　　当然比较两个vcf的以上filed,都是在overlap sites统计