geom_point 散点分布图 配色

1.  GATK GenotypeConcordance

p<-ggplot(data=data1,mapping=aes(x = TRUTH_SAMPLE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE,colour=VARIANT_TYPE,shape=VARIANT_TYPE ))+geom_point(size=2)+scale_color_brewer(palette = 'Accent')+labs(x="Samples",y="Concordance",title="Zbolt_15X vs Downloded_30X")+theme(  panel.grid=element_blank(),axis.text=(element_text(size=6)),axis.title=(element_text(size=11)),plot.title=element_text(hjust = 0.5))+scale_x_discrete(labels=paste0("",1:50))

p1<-p+geom_hline(yintercept =0.989,color="#44758E",linetype="dashed",size=1)+geom_hline(yintercept =0.804,color="#44758E",linetype="dashed",size=1)+annotate('text',x=25,y=1,label="SNP Mean Concordance:0.989",size=3)+annotate('text',x=25,y=0.815,label="INDEL Mean Concordance:0.804",size=3)

ggsave("./zbolt_test.png",width = 8,height = 6,plot=p1)

 

 

注：

因为x轴是样本名，不是连续型变量，所以不能用scale_x_continuous(),得用scale_x_discrete(labels=paste0("",1:50))，生成字符串向量。这种样本名不重要的情况，可以直接用1:length(sample)数值向量替换，便于操作。

geom_point(size=2) 点的大小

scale_color_brewer(palette = 'Accent') 设置点不同变量的配色模版

labs 设置x,y,标题的名称

axis.text 轴刻度名的大小 就是1 2 3..50的大小，防止太密了重叠。

+scale_x_discrete(labels=paste0("",1:50)) 复写横坐标label 标签。因为之前样本名字数太多，没必要

annotate('text',x=25,y=1,label="SNP Mean Concordance:0.989",size=3)+annotate('text',x=25,y=0.815,label="INDEL Mean Concordance:0.804",size=3) 这里x,y 表示文字中心 对应在图坐标的位置。size是字体大小，可以参照点设置尺寸的大小

 

颜色取色器：在AI打开图片，用吸管工具点击要取的区域，在右边属性栏点击填色，#nnmmdd 即与ggplot2通用的十六进制

　　　　　　选择颜色：

　　　　　　　　　　1）可以在此AI此界面，想要颜色对应的十六进制，；

　　　　　　　　　　2）根据数据类型，选择配色建议ggplot配色建议 https://colorbrewer2.org/ 

　　　　　　　　　　3）ggplot2自带配色模版

 

通过element_text （属于ggplot2主题系统）来设置图中各文本元素的格式。如用于：

 

 　　axis.title.x x轴标签/标题

　　axis.title.y y轴标签/标题

　　axis.text.x x轴刻度标签

　　axis.text.y y轴刻度标签

　　legend.title 图例标题文本

　　legend.text 图例文本

　　plot.title 图的主标题

　　plot.subtitle 图副标题

　　plot.caption 图的脚注

　　plot.tag 绘图的标签

 # ggplot 允许多个调控函数共同作用，即图层叠加。如geom_text ,annotate,element_text 共同作用很正常