GWAS 画曼哈顿图,QQ plot,膨胀系数manhattan、Genomic Inflation Factor

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转载自陈文燕:

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA2MDQzMQ==&mid=2247483759&idx=1&sn=4069ccf557f2efcdba3e5b19b0d20393&chksm=ce2d6f0ff95ae619cb695d6f96b77ede84306f1838447385a71dd1cb27ba55c8e08eb9591ce9&scene=21#wechat_redirect

膨胀系数lambda的解读:

基因组膨胀因子λ定义为经验观察到的检验统计分布与预期中位数的中值之比,从而量化了因大量膨胀而造成结果的假阳性率。换句话说,λ定义为得到的卡方检验统计量的中值除以卡方分布的预期中值。预期的P值膨胀系数为1,当实际膨胀系数越偏离1,说明存在群体分层的现象越严重,容易有假阳性结果,需要重新矫正群体分层。

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