Sambamba 安装 ,软件加入PATH使各级路径都可运行,所谓环境变量
最简单的方式是下载编译后的软件:*.static.gz
1.如: wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.7.1/sambamba-0.7.1-linux-static.gz
2.gunzip sambamba-0.7.1-linux-static.gz
3.chmod +x sambamba-0.7.1-linux-static
4. mv ./sambamba-0.7.1-linux-static ./sambamba
5.echo $PATH #查看已加入PATH中的路径(shell将到哪些目录中寻找命令或程序,PATH的值是一系列目录,当您运行一个程序时,Linux在这些目录下进行搜寻编译链接)
然后1)可以把软件链接到已有路径下 2)把软件路径加入$PATH
6.这里,把软件链接到已有$PATH下的路径,ln -s /opt/bin/olympus_tools/sambamba/sambamba /usr/local/bin/
7.测试输入 sambamba ,已经OK
补充
给$PATH 新添目录路径时如果认为常用,则在~/.bashrc加入,软件冷门则在调用该软件脚本中加入,都是export PATH=$PATH:$softwaredir
本文来自博客园,作者:BioinformaticsMaster,转载请注明原文链接:https://www.cnblogs.com/koujiaodahan/p/13670613.html
posted on 2020-09-15 02:48 BioinformaticsMaster 阅读(916) 评论(0) 编辑 收藏 举报