Sambamba 安装 ,软件加入PATH使各级路径都可运行,所谓环境变量

 

最简单的方式是下载编译后的软件:*.static.gz

1.如: wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.7.1/sambamba-0.7.1-linux-static.gz
2.gunzip sambamba-0.7.1-linux-static.gz
3.chmod +x sambamba-0.7.1-linux-static
4. mv ./sambamba-0.7.1-linux-static ./sambamba
5.echo $PATH #查看已加入PATH中的路径(shell将到哪些目录中寻找命令或程序,PATH的值是一系列目录,当您运行一个程序时,Linux在这些目录下进行搜寻编译链接)
  然后1)可以把软件链接到已有路径下 2)把软件路径加入$PATH
6.这里,把软件链接到已有$PATH下的路径,ln -s /opt/bin/olympus_tools/sambamba/sambamba /usr/local/bin/
7.测试输入 sambamba ,已经OK

补充
给$PATH 新添目录路径时如果认为常用,则在~/.bashrc加入,软件冷门则在调用该软件脚本中加入,都是export PATH=$PATH:$softwaredir


posted on 2020-09-15 02:48  BioinformaticsMaster  阅读(916)  评论(0编辑  收藏  举报

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