随笔分类 -  统计R

tidyverse select() 选择列 搭配mutate()增加列
摘要:$dataframe %>%select($var1,$var2,$var3) #列名,但建议用这种。 $dataframe %>%select($index1,$index2,$index3) #列的位置 上述等效,但建议用列名选择。 如flights%>%select(year,month,da 阅读全文

posted @ 2021-12-14 12:16 BioinformaticsMaster 阅读(955) 评论(0) 推荐(0) 编辑

tibble
摘要:tidyverse包内的新定义的数据类型,是data.frame的子类型。函数、操作上与data.frame类似。 tibble标识列类型: int integer 存储正数 dbl double 普通数值型数据,可正可复,可大可小,可含小数可不含 chr character向量或字符串。 dttm 阅读全文

posted @ 2021-12-13 17:50 BioinformaticsMaster 阅读(120) 评论(0) 推荐(0) 编辑

管道符号 筛选、排序行filter(),arrange(), slice()
摘要:%>% 管道函数读"then",即然后 把左边值发送到右边的表达式,并作为右边表达式函数的第一个参数。 当操作多个数据集或函数时,使用%>%会更方便,更逻辑性。 R 其他含义的管道符号用的少,包括: %<>% 在%>%基础上,把右边的最终返回值返回给左边 %T>% 把左边值传入后,不产生任何返回值( 阅读全文

posted @ 2021-12-10 13:50 BioinformaticsMaster 阅读(1000) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R Debug
摘要:1. 虽然说逗号的bug,但其实是多了个( 2. read.csv 报: '<ca><c7>'多字节字符串有错 Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : 输入中没有多出的行 Cause: 阅读全文

posted @ 2021-12-09 19:45 BioinformaticsMaster 阅读(319) 评论(0) 推荐(0) 编辑

mutate()为入口 管道符操作数据
摘要:mutate()添加新变量列,保留之前。注:如果没有赋予新值,则在原列基础操作,这种情况多在管道符。 注:新增列与已有列的行数会一致,也要求一致。 transmute() 添加新变量列,并删除现有列。 当与现有具相同变量名,则会覆盖现有变量名 mutate() 增加新列,可以基于现有列运算新列的值, 阅读全文

posted @ 2021-12-07 13:55 BioinformaticsMaster 阅读(249) 评论(0) 推荐(0) 编辑

factor()函数
摘要:因子型(factor)表示编号或登记,是用来存储类别的数据类型,是离散的,与连续性值相对。如果把数字作为因子,那么在导入数据后,需要将向量转换为因子(factor),而因子在整个计算过程中不再作为数值,而是作为“符号”。 讲的很好的R因子 data <- c(1,2,2,3,1,2,3,3,1,2, 阅读全文

posted @ 2021-12-01 17:25 BioinformaticsMaster 阅读(1109) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R类别比较型图-柱形图系列
摘要:ggplot2绘制柱形图和条形图,X轴变量默认按照输入的数据顺序绘制,Y轴变量和图例变量默认按照字母顺序绘制。因此在绘图前先排序。 geom_bar绘制柱形图包括单数据系列柱形图、多数据系列柱形图、堆积柱形图、百分比推挤柱形图。 X轴一般是类别型()和序数型(按顺序绘制),Y轴为数值型。 当X是类别 阅读全文

posted @ 2021-11-30 09:06 BioinformaticsMaster 阅读(194) 评论(0) 推荐(0) 编辑

孟德尔随机化MR
摘要:软件包: install.packages("devtools") library(devtools) install_github("MRCIEU/TwoSampleMR") Ref: https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/11224609.html 阅读全文

posted @ 2021-11-23 14:29 BioinformaticsMaster 阅读(367) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R 读取, 列,某行,操作,保存
摘要:导入数据,观察数据,操作数据,可视化展示,关闭数据 data<-read.csv("xx.csv",header=1)#第一行是header,不是值 。 取数据时候,较有用的参数还有stringsasfactor=Fasle,这样就不会把所有的字符型变量转换成Factor因子。因子是不能用与字符串操 阅读全文

posted @ 2021-11-05 13:27 BioinformaticsMaster 阅读(8432) 评论(0) 推荐(0) 编辑

apply函数对行/列运算
摘要:apply(X,MARGIN,FUN,...) 对矩阵、数据库、数组按行或列进行迭代计算,返回向量或数组或值列表。 apply系列函数有效替代R中比较慢的for循环。 X: 输入的数组、矩阵,如果是数据框会自动转换成矩阵 MARGIN:按行计算或按列计算,1表示按行,2表示按列。 FUN:调用的函数 阅读全文

posted @ 2021-10-01 16:07 BioinformaticsMaster 阅读(823) 评论(0) 推荐(0) 编辑

表格拼接,融合
摘要:cbind(df1,df2) 横向添加表格,表格变宽,增加列数 rbind(df1,df2,...) 纵向合并多个数据集,表格变长,增加行数, 类似cat命令,要求列数相同 例子: 表格融合:针对数据框没有很好的保持一致。可用函数R内置的merge() 和dplyr的_join()函数。注:merg 阅读全文

posted @ 2021-10-01 14:14 BioinformaticsMaster 阅读(192) 评论(0) 推荐(0) 编辑

表格转换,多行聚集成列,长列转换成多行
摘要:我从中学开始就立体,较多维的数据理解不强,所以这部分进度慢些很正常 R ggplot2绘图常用一维数据列表的数据框,所以常用到多行聚为列这个功能。 减列数,减维: 常用包:reshape2,tidyr以及聚集了tidyr等包的tidyverse。 创建例子df<-data.frame(x=c("A" 阅读全文

posted @ 2021-10-01 10:42 BioinformaticsMaster 阅读(73) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ggplot2 配色渐变 二色/三色梯度
摘要:scale_colour_gradient()和scale_fill_gradient():指定双色梯度。顺序由低到高。 双色梯度low和high控制梯度两颜色。 例: ggplot() + geom_point(data = mtcars, aes(x = mpg, y = disp, color 阅读全文

posted @ 2021-03-31 22:03 BioinformaticsMaster 阅读(7985) 评论(0) 推荐(0) 编辑

画学术图表 A picture is worth a thousand words
摘要:学术图表 A picture is worth a thousand words 图表在论文中的作用: 1)真实、准确、全面地展示数据 2)以较小的空间承载较多的信息 3)揭示数据的本质、关系、规律 学术图表的原则:规范、简洁、专业、美观。 学术图表是为论文结论(conclusion)提供证据的诗句 阅读全文

posted @ 2021-03-31 19:28 BioinformaticsMaster 阅读(294) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Mac Rstudio 快捷键
摘要:Source 栏 运行当前选中代码: Command+Enter 打开文件:Command+O 保存当前文件:Command+S 关闭当前文件:Command+W 运行当前文件:Command+option+R 运行文件从开头到光标所在处代码:Command+option+B 运行文件从光标所在处到 阅读全文

posted @ 2021-03-29 21:10 BioinformaticsMaster 阅读(1122) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R 基础入门
摘要:R 语言基础 :统计分析、数据处理、作图。免费开源,兼容多操作系统。数据处理包丰富。合格的分析。下载地址 https://cran.r-project.org/bin/windows/base/赋值符: <-x <- rnorm(5) 或rnorm(5) ->x 工作空间是R的当前工作环境帮助系统: 阅读全文

posted @ 2021-03-29 20:11 BioinformaticsMaster 阅读(300) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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