z-score Normalization
摘要：Z-score 表示一个值是高于或低于平均值多少个标准差（ a score that indicates how many standard deviations a value is above or below the mean). 比如用于RNA-seq 的normalisation. 对每个
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posted @ 2022-06-15 14:30
随笔分类 - 统计R
计算 GWAS的 lambda GC
摘要：You have conducted your genome-wide association study (GWAS) and have tested each genetic variant for an association with your trait of interest. Now
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posted @ 2022-06-13 14:52
KING
摘要：KING 根据个体的基因组数据，判断亲子关系，推断个体间的亲缘关系 family relationship and flag pedigree errors。 PI作者是个华人 https://www.kingrelatedness.com/ 不同亲缘关系推断一句 依次解释如下： MT 同卵双胞胎
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posted @ 2022-05-24 15:52
ggplot2 的scale手动设置
摘要：scale_colour_manual(...,values) scale_fill_manual(...,values) scale_size_manual(...,values) scale_shape_manual(...,values) scale_linetype_manual(...,v
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posted @ 2022-05-23 13:19
expression函数在R图上增公式，数学符号
摘要：> x<-1:10 > y<-x^2 > plot(x,y) > plot(x,y,ylab=expression(x^y)) > plot(1:10,ylab=expression(a[b])) x<-1:10 > y<-sqrt(x) > plot(x,y,ylab=expression(y==
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posted @ 2022-05-15 00:10
na.rm 缺失值处理
摘要：is.na 检测缺失值，返回结果为true,false na.rm=TRUE 很多函数有这个参数，即在计算之前移除缺失值，并使用剩余值计算。 https://www.cnblogs.com/GhostBear/p/8416897.html
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posted @ 2022-05-14 23:45
geom_ribbon 给数据分组 的覆盖面积上色
摘要：huron<-data.frame(year=1875:1972,level=as.vector(LakeHuron),level2=as.vector(LakeHuron)) huron[1:50,2]<-huron[1:50,2]+100 #给第二列，1:50行每个值加100 huron[50:
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posted @ 2022-05-14 22:26
order_by 函数 R
摘要：order_by(order_by,call) 函数 更灵活的排序 This function makes it possible to control the ordering of window functions in R that don't have a specific ordering
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posted @ 2022-05-09 17:42
R 条件判断和循环
摘要：基本语句 判断： if(Condition1){ State1 }else if(Condition2){ State2} else { State_last } 循环 for ( i in xx){ yy} while (xx){yy} 嵌套 for ( i in xx) { if (i yy){
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posted @ 2022-05-01 20:22
Rscript 给脚本内传递参数
摘要：最直接的方式是args<-commandArgs(trailingOnly = TRUE) ,对应args[1],args[2] 如：cat test.R #脚本内容如下 args<-commandArgs(trailingOnly = TRUE)print(args)print (args[1])
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posted @ 2022-05-01 19:42
R 自定义函数
摘要：函数调用 R 所有函数的调用格式为 function(argument1=value1, argument2=value2,...) 如t.test(x=sample,mu=4.5) 对于二元计算 a %x% b 等价于 "x"(a,b) 如 > "+"(2,3) [1] 5 从function(
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posted @ 2022-05-01 17:29
肾病质控下机数据的脚本
摘要：library("tidyverse") library(ggplot2) library(ggpubr) data <- read_tsv("./rawDataStat20220215141517.txt") #fq qc dataPlot<-data %>% select("TotalBases
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posted @ 2022-04-14 11:03
rawdata0413<-read.csv("./rawDataStat20220413151324.txt",sep = "\t") 不等于read.tsv
摘要：文件内有%，rawdata0413<-read.csv("./rawDataStat20220413151324.txt",sep = "\t")识别错误 rawdata0413<-read.csv("./rawDataStat20220413151324.txt",sep = "\t") 里边的%
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posted @ 2022-04-13 17:42
Standard Deviation (SD), Standard Error (SE),Confidence Interval (CI). 画barplot，置信区间
摘要：Standard Deviation(SD) 标准（偏）差，代表变量的分散程度，离散量。统计为方差的平方根（Calculated as the root square of the variance） sd<-sd(vec) 等同于 sd<-sqrt(var(vec)) Standard Error
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posted @ 2022-03-25 16:09
ROC R脚本
摘要：AUC ROC ROC: receivers operating characteristic curve,是一种坐标图式的分析工具，是一个二元分类模型(0/1)，输出结果只有两种类别的模型。如阳性/阴性，有病/没病，垃圾邮件/非垃圾邮件。 预测错误：针对正样本而言，即预测是正样本，但预测错了FP
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posted @ 2022-03-12 19:32
