Biopython SeqIO 读取序列文件，读取信息，写入序列
摘要：Biopython1.序列赋值 转录（反转录） 翻译 反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性：seq :一条生物序列id：基本ID，标识这条序列name：常用分子的名称description：序列分子的描述letter_annotation:是一个
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posted @ 2018-02-12 10:56
随笔分类 - python
python 正则匹配 csv文件中特殊符号如■高风险 这样的black block
摘要：各种符号必然在unicode中有保存，根据unicode代码匹配即可。 1.csv中特殊字符可以在excel的【插入符号】中查找，然后记下该符号的Unicode代码。如■ 这个实心方形的Unicode代码为25A0： 2.需要查询其他的代码可以以此代码为基础搜索,（当然本例用词代码即可）：如unic
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posted @ 2018-02-03 18:33
python 读取其他文件的变量 import 或 正则读取
摘要：例：从 ref.py 读取 路径变量 ref.py: 则 1）可在目前的run.py： 2）也可以通过正则读取变量值,
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posted @ 2018-02-01 14:42
linux 下的Anaconda 安装并使用conda安装包
摘要：1.登录 https://www.anaconda.com/download/ 选择需要下载的版本，复制链接 如： 2.根据安装包，到清华镜像网站https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 选择对应文件（国内镜像网站下载速度快），再w
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posted @ 2018-01-16 18:42
struct模块拆分字符串为指定字符数的字符串或元组
摘要：struct.unpack（format，string）按照format格式将string解压为元组。 struct.pack(format,v1,v2,...) 按照format格式将v1,v2压缩成单一字符串 struct.calcsize（format） 返回format的字符总数。
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posted @ 2017-12-27 20:52
python 遍历文件句柄，会保持原文件的空格、换行符
摘要：with open ("ab.txt","r") as m: #for i in m:# # print i print m.readline()+"yes"# 不论是句柄readline，句柄readlines，for 遍历句柄，都包含换行符。 print m.readline() # #print m.readlines()
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posted @ 2017-12-27 20:38
python re 正则匹配 split sub
摘要：import re 编译： motif=‘([ST])Q’ seq="SQAAAATQ" regrex=re.compile(motif) #编译成正则对象 regrex=re.compile(motif,re.IGNORECASE) #编译成正则对象,忽略大小写 匹配： sea=regrex..s
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posted @ 2017-12-19 23:24
python读取文件csv，先按第4列排序，再按第5列的数值排序
摘要：python 对文件 按列排序
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posted @ 2017-12-16 17:22
python zip()函数转置表，操作列
摘要：>>>zip([1,2,3],[4,5,6]) [(1,4),(2,5),(4,6)] zip()函数，每个输入的第N个元素配对在一起，返回包含数个元组的列表。要求：输入的必须是可迭代的对象（列表、元组、字符串） zip(*) 将所有输入的对象行转置为列。 >>>data=[[1,2,3],[4,5
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posted @ 2017-12-14 23:31
python 集合 无序非重 容器的操作
摘要：a=set([1,2,3]) b=set([1,2,4]) python 取两个集合都存在元素的集合 c=a.intersection(b) c=a&b 测试是否a中的每个元素都存在b中 a.issubset(b) a<=b 返回一个集合包含a和b的所有元素 a.union(b) a|b 存在a但不
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posted @ 2017-12-13 23:23
