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[置顶] literature read write 论文代码阅读与写作

摘要：我：文献是很好参考，Cell Nature Science 一般是高价值的参考，知道，思辨，用来自己这，解决问题，产出当感觉领域内重要基础知识模糊了，这时候就从知网下载、读一篇领域内的国内硕、博论文，因为他们往往由于毕业论文的字数压力，会在研究内容前把知识基础列的详详细细。比如《基于Meta分析阅读全文

posted @ 2019-06-25 21:04 BioinformaticsMaster 阅读(234) 评论(0) 推荐(0)

z-score Normalization

摘要： Z-score 表示一个值是高于或低于平均值多少个标准差（ a score that indicates how many standard deviations a value is above or below the mean). 比如用于RNA-seq 的normalisation. 对每个阅读全文

posted @ 2022-06-15 14:30 BioinformaticsMaster 阅读(2123) 评论(0) 推荐(1)

计算 GWAS的 lambda GC

摘要： You have conducted your genome-wide association study (GWAS) and have tested each genetic variant for an association with your trait of interest. Now 阅读全文

posted @ 2022-06-13 14:52 BioinformaticsMaster 阅读(1110) 评论(0) 推荐(0)

KING

摘要： KING 根据个体的基因组数据，判断亲子关系，推断个体间的亲缘关系 family relationship and flag pedigree errors。 PI作者是个华人 https://www.kingrelatedness.com/ 不同亲缘关系推断一句依次解释如下： MT 同卵双胞胎阅读全文

posted @ 2022-05-24 15:52 BioinformaticsMaster 阅读(763) 评论(0) 推荐(0)

ggplot2 的scale手动设置

摘要： scale_colour_manual(...,values) scale_fill_manual(...,values) scale_size_manual(...,values) scale_shape_manual(...,values) scale_linetype_manual(...,v 阅读全文

posted @ 2022-05-23 13:19 BioinformaticsMaster 阅读(373) 评论(0) 推荐(0)

expression函数在R图上增公式，数学符号

摘要： > x<-1:10 > y<-x^2 > plot(x,y) > plot(x,y,ylab=expression(x^y)) > plot(1:10,ylab=expression(a[b])) x<-1:10 > y<-sqrt(x) > plot(x,y,ylab=expression(y== 阅读全文

posted @ 2022-05-15 00:10 BioinformaticsMaster 阅读(133) 评论(0) 推荐(0)

na.rm 缺失值处理

摘要： is.na 检测缺失值，返回结果为true,false na.rm=TRUE 很多函数有这个参数，即在计算之前移除缺失值，并使用剩余值计算。 https://www.cnblogs.com/GhostBear/p/8416897.html 阅读全文

posted @ 2022-05-14 23:45 BioinformaticsMaster 阅读(197) 评论(0) 推荐(0)

geom_ribbon 给数据分组的覆盖面积上色

摘要： huron<-data.frame(year=1875:1972,level=as.vector(LakeHuron),level2=as.vector(LakeHuron)) huron[1:50,2]<-huron[1:50,2]+100 #给第二列，1:50行每个值加100 huron[50: 阅读全文

posted @ 2022-05-14 22:26 BioinformaticsMaster 阅读(547) 评论(0) 推荐(0)

order_by 函数 R

摘要： order_by(order_by,call) 函数更灵活的排序 This function makes it possible to control the ordering of window functions in R that don't have a specific ordering 阅读全文

posted @ 2022-05-09 17:42 BioinformaticsMaster 阅读(231) 评论(0) 推荐(0)

R 条件判断和循环

摘要：基本语句判断： if(Condition1){ State1 }else if(Condition2){ State2} else { State_last } 循环 for ( i in xx){ yy} while (xx){yy} 嵌套 for ( i in xx) { if (i yy){ 阅读全文

posted @ 2022-05-01 20:22 BioinformaticsMaster 阅读(132) 评论(0) 推荐(0)

Rscript 给脚本内传递参数

摘要：最直接的方式是args<-commandArgs(trailingOnly = TRUE) ,对应args[1],args[2] 如：cat test.R #脚本内容如下 args<-commandArgs(trailingOnly = TRUE)print(args)print (args[1]) 阅读全文

posted @ 2022-05-01 19:42 BioinformaticsMaster 阅读(300) 评论(0) 推荐(0)

R 自定义函数

摘要：函数调用 R 所有函数的调用格式为 function(argument1=value1, argument2=value2,...) 如t.test(x=sample,mu=4.5) 对于二元计算 a %x% b 等价于 "x"(a,b) 如 > "+"(2,3) [1] 5 从function( 阅读全文

posted @ 2022-05-01 17:29 BioinformaticsMaster 阅读(482) 评论(0) 推荐(0)

CMplot 可视化曼哈顿，qqplot

摘要： library(CMplot) setwd("~/literature/recurring/manhat_qplot") df<-read.table("GCST90014052_buildGRCh38.tsv.gz",header=T,sep="\t") df_column<-df %>%sele 阅读全文

posted @ 2022-04-29 11:06 BioinformaticsMaster 阅读(5150) 评论(0) 推荐(0)

PRS 多基因风险评估

摘要： •复杂疾病往往是多基因遗传（polygenic）的结果，即需要通过多个对性状贡献较小的基因来解释。 •多基因风险评分-Polygenic risk scores （PRS）是通过聚合并量化许多常见变异来预测个体某疾病的遗传易感性。 •基于GWAS鉴定出的易感基因以及潜在相关的风险位点,并结合一些非基阅读全文

posted @ 2022-04-20 11:31 BioinformaticsMaster 阅读(1348) 评论(0) 推荐(0)

肾病质控下机数据的脚本

摘要： library("tidyverse") library(ggplot2) library(ggpubr) data <- read_tsv("./rawDataStat20220215141517.txt") #fq qc dataPlot<-data %>% select("TotalBases 阅读全文

posted @ 2022-04-14 11:03 BioinformaticsMaster 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)

rawdata0413<-read.csv("./rawDataStat20220413151324.txt",sep = "\t") 不等于read.tsv

摘要：文件内有%，rawdata0413<-read.csv("./rawDataStat20220413151324.txt",sep = "\t")识别错误 rawdata0413<-read.csv("./rawDataStat20220413151324.txt",sep = "\t") 里边的% 阅读全文

posted @ 2022-04-13 17:42 BioinformaticsMaster 阅读(34) 评论(0) 推荐(0)

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