了解10X文库组成

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原文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/137207083

R1: 26 表示10X barcode 的 16bp碱基 + 10bp UMI;
i7: 8表示 8bp 样本index序列
Read 2: 98 中星号符号表示长度不固定。

4.1 i7 sample index的作用？

i7 sample index（library barcode）是加到Illumina测序接头上的，保证多个测序文库可以在同一个flow-cell上或者同一个lane上进行混合测序(multiplexed)。不同的项目index不同，但在96孔板的每个孔中都加入了4种不同的index oligos混合，其作用就是在CellRanger mkfastq 功能（BCL转fastq）中体现出来的，它自动识别样本index名称（例如：SA-GA-A1），将具有相同4种oligo的fq文件组合在一起表示同一个样本，从而保证了一个测序lane上可以容纳多个样本。

4.2 10X Barcode（Cell barcode）的作用？

10X Barcode（Cell barcode）是10X数据特有的，用来区分GEMs，可对细胞做了一个标记。

4.3 UMI的作用？

在scRNA测序中需要进行PCR扩增， 一些转录本会被扩增多次，超过了其真实的表达量。当起始文库DNA量很小时，在进行多次PCR扩增中，引入的误差会随着扩增次数的增加而增加。

UMI - Unique Molecular Identifier，由4-10个随机核苷酸组成，在mRNA反转录后，进入到文库中，每一个mRNA随机连上一个UMI，根据PCR结果可以计数不同的UMI，最终统计mRNA的数量（重点）。

对UMI的要求：

不能是均聚物 ，如AAAAAAAAAA
不能有N碱基
不能包含碱基质量低于10的碱基

4.4 简而言之

Library Barcode (Sample Index) : 使用样本index序列进行多样本拆分
10x Barcode(Cell Barcode )： 用来区分细胞reads的来源
Unique Molecular Index (UMI) ： 用来校正PCR扩增引起mRNA数量统计的偏差
Sequencing Reads ： 用来识别基因的reads