Linux下无root权限安装R语言（conda安装和普通安装）

如果没有root权限/sudo权限，个人建议用conda安装，如果基础环境出现缺失的包，可以方便的补全，后期conda命令安装R包也方便。

附：conda安装

如果有conda环境，几行命令行解决。如果是小白参考该文。

# 创建名字为renv的conda虚拟环境（名字随意起）
conda create -n renv
 
# 激活环境
conda activate renv
 
# 安装（以R 4.1.3 版本为例，安装其他版本更换4.1.3即可）
conda install -c conda-forge r-base=4.1.3

普通安装方式如下：

1.下载安装R

# /home/wangwz/packages/R/R-4.3.1下载安装R4.3.1
wget http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.3.1.tar.gz
 
tar -zxvf  R-4.3.1.tar.gz
 
cd R-4.3.1
# 注1：R-4.0 以上在 configure 时，需要增加一个 --with-pcre1 参数。
# 注2：如果想要在其他语言中集成 R 就必须选择--enable-R-shlib选项，将 R 编译成 lib 模式(建议打开！)
./configure --with-readline=no --with-x=no --with-pcre1  --enable-R-shlib --enable-BLAS-shlib --with-blas --with-lapack --prefix=/home/wangwz/packages/R/R-4.3.1
 
 
 
make
 
make install

注：

1. 关于 R 相关的动态库(--enable-R-shlib选项)：

• R 编译的过程中，如果想要在其他语言中集成 R 就必须选择--enable-R-shlib选项，将 R 编译成 lib 模式，在此模式下，会生成 path-to-R/lib/libR.so库——将 R 编译成动态库(libR.so)，然后 R 的执行程序与之链接；
• 例如，如果不编译生成 libR.so，在安装 rpy2（Python 中的 R 语言接口模块） 时就无法正确编译，还可能报错 loading shared libraries: libR.so: site:stackoverflow.com。
• 同时，确保同目录下 libRblas.so,libRlapack.so 两个链接库也被正确生成，这两个库默认会生成，如果没有，需要添加参数：--enable-BLAS-shlib --with-blas --with-lapack；

2. 安装其他低版本的R语言时，可能会遇到：error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https。

• 如果不必构建该版本，那么最简单的解决方案就是切换到 4.3.0 或更高版本（理想情况下是 4.3.1，即当前版本）；4.3.0 及更高版本支持使用libcurl8 进行构建。
• 如果必须构建该版本：解决方法。

如果安装过程中出现问题，可以参考该文章

2. 配置环境

在 linux中设置环境变量一般使用bash_profile进行配置，环境变量分为两种：

1. /etc/bash_profile 表示系统整体设置 ，生效后系统内所有用户可用。（需要root权限）
2. ~/.bash_profile 只表示当前用户的个人设置，生效后只该用户可用。

这里只介绍配置个人环境，方法如下：

vi .bash_profile 
 
# 按"i"可编辑，“ESC”键停止编辑，":wq"退出
export PATH="$PATH:/home/wangwz/packages/R/R-4.3.1/bin"
 
source .bash_profile

3. 命令

# 查看R版本
R --version
 
# 查看R包路径(进入R环境)
> .libPaths()

4.安装R工具包

# tidyverse镜像安装
install.packages ("tidyverse",repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
 
# git安装
devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')