.h5ad数据结构解释(anndata 数据格式)
官方网站:https://anndata.readthedocs.io/en/latest/
下面的内容官网都有
概述
h5ad文件提供了一种可扩展的方式来记录数据及其注释 (annotation),主要包含X, obs, var, uns等多个部分,分别存储不同的信息。结构如下图所示
-
X是表达量矩阵,用来联系obs和var。
具体来说X是一个稀疏矩阵,其中行代表细胞,列代表基因,每个元素的值代表该基因在该细胞中的表达量。
可能的格式有:ndarray | spmatrix | DataFrame -
obs从不同维度描述细胞的信息,不同数据集不同。
可能的格式有 DataFrame | Mapping[str, Iterable[Any]] -
var从不同维度描述基因的结果,不同数据集不同。
可能的格式有 DataFrame | Mapping[str, Iterable[Any]] -
uns是非结构化注释
uns 可能的格式有 Mapping[str, Any] -
其余看官方解释吧