.h5ad数据结构解释(anndata 数据格式)

官方网站:https://anndata.readthedocs.io/en/latest/

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概述

h5ad文件提供了一种可扩展的方式来记录数据及其注释 (annotation),主要包含X, obs, var, uns等多个部分,分别存储不同的信息。结构如下图所示

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  • X是表达量矩阵,用来联系obs和var。
    具体来说X是一个稀疏矩阵,其中行代表细胞,列代表基因,每个元素的值代表该基因在该细胞中的表达量。
    可能的格式有:ndarray | spmatrix | DataFrame

  • obs从不同维度描述细胞的信息,不同数据集不同。
    可能的格式有 DataFrame | Mapping[str, Iterable[Any]]

  • var从不同维度描述基因的结果,不同数据集不同。
    可能的格式有 DataFrame | Mapping[str, Iterable[Any]]

  • uns是非结构化注释
    uns 可能的格式有 Mapping[str, Any]

  • 其余看官方解释

posted @ 2024-04-29 10:00  kingwzun  阅读(1434)  评论(0编辑  收藏  举报