纯小白远程Linux服务器无root权限，安装conda以及jupyter的R语言环境（一条龙；纯小白使用）

解决了2天，坑点满满，哭死😭

！！重要前置bash shell

下面教程的所有命令都是在进入bash shell后，再按照步骤执行！

没有进入bash shell,命令行左边是$符号，此情况就要进入bash shell
敲bash 就进bash shell了

参考：执行 source ~/.bashrc 报错：source not found 的解决方案

1.Linux命令行安装anaconda

点击查看参考(如果我的方法不行，可以看他们的)：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/583438593
2.linux服务器非root用户安装Anaconda，并配置tensorflow/pytorch
3.在linux服务器（ubuntu）上搭建一个在线的jupyter notebook

下载anaconda3的.sh安装包

首先在 https://repo.anaconda.com/archive/ 选择需要的anaconda版本。
一定要是linux 且 .sh安装包

有两种下载方法：

命令行下载wget -p 指定目录下载地址，以我的为例:
下载Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh到用户的根目录

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh

在本机下载需要的anaconda版本，下载成功后，利用Xftp等软件上传到服务器即可。

安装Anaconda

进入刚刚下载的Anaconda3-XXXXX-Linux-x86_64.sh所在目录，使用bash命令进行安装。以我的为例

# 因为我下载到了根目录，所以直接bash安装
bash Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh

会出现一堆协议，一路回车直到： 是否接受协议？输入：yes
然后会问安装目录：选择默认目录则直接回车，若自定义目录则输入路径。
是否初始化？yes （后面可以省去conda命令不生效，修改bashrc的步骤）
是否安装VScode？no

至此Anaconda安装完成，可以使用conda list等命令验证。

配置环境变量

这一步不一定使用哈。如果安装后，输入conda -V查不到信息，显示conda: command not found，这是因为anaconda路径没有被识别，输入source ~/.bashrc试试。到此已经安装好Anaconda了。

如果执行 source ~/.bashrc 报错：source not found ，请看本文第一章！！重要前置bash shell

2.使用conda安装R语言环境以及R包（非root用户也可以）

附：老手精简版

此版本为熟悉Linux命令后使用，否则请按照下面的步骤进行，防止懵懵懂懂。

# 创建环境(renv是环境的名称，随意修改)
conda create -n renv
# 激活环境
conda activate renv
# 以安装R 4.1.4 版本为例，安装其他版本更换`4.1.4`即可
conda install -c conda-forge r-base=4.1.4
# 退出环境
conda deactivate

2.1创建conda虚拟环境

创建名字为renv的conda虚拟环境（名字随意起）

conda create -n renv   # 创建环境(renv是环境的名称，随意修改)

提示中出现下文。environment location表明了环境的存储位置。按y同意即可。

## Package Plan ##

  environment location: XXXXXXX/anaconda3/envs/Renv

Proceed ([y]/n)? y

激活刚刚创建的conda环境

conda activate renv   # 激活环境

此时前缀更改为(renv)，即表示成功，参考如下
#>(base) [test@VM-0-7-centos etc]$ conda activate Renv
#>(renv) [test@VM-0-7-centos etc]$

附：退出环境命令conda deactivate

2.2安装R语言

以安装R 4.1.4 版本为例，安装其他版本更换4.1.4即可
过程中会询问是否同意安装，按y同意即可。

conda install -c conda-forge r-base=4.1.4

安装成功后，就可以在命令行输入R，进去R环境。参考如下

1.进入R环境
#>(renv) [test@VM-0-7-centos etc]$ R
#>
2.看一下library的位置。
#> .libPaths()
#>[1] "/XXXXXX/anaconda3/envs/renv/lib/R/library"
3.退出R环境
#> quit()
#>(renv) [test@VM-0-7-centos etc]$

2.3 安装R包教程

2.3.1使用R安装R包

有些包使用R安装不了，会报错，这时候再使用conda安装。使用R安装教程如下

# 假设安装reticulate包
install.packages("reticulate")
# 假设安装Seurat包
install.packages('Seurat')

2.3.2使用conda安装R包

有些包使用R安装不了，会报错，这时候可以使用conda安装，教程如下：

# 假设安装glmnet包
conda install -c conda-forge r-glmnet

# 假设安装IRkernel包
conda install -c conda-forge r-IRkernel

参考：
Linux 中conda 安R

3.在jupyter上使用R语言

前置条件：

已经安装jupyter,没有可以参考教程:在linux服务器（ubuntu）上搭建一个在线的jupyter notebook
已经创建有R的环境并激活环境。如果没有按照上面的步骤安装。

附：老手精简版

# conda安装 IRkernel 包
conda install -c conda-forge r-irkernel
# 在R中注册内核
IRkernel::installspec(user = FALSE)
# 备注：权限不够把FALSE改为TURE，表示为当前用户安装

# 备注：启动jupyter后才能切换到R语言

Linux使用conda在jupyter上使用R语言步骤：

小白教程

解释：devtools包可以让您从GitHub安装R包。

首先尝试使用R命令行安装（大概率安装失败）
打开R控制台，安装devtools包，在命令行输入以下命令：

# 1.打开R控制台：在命令行输入R即可
R
# 2使用R安装devtools：在命令行输入install.packages('devtools')即可
install.packages('devtools')

大概率会安装失败

- 如果有root权限，可以参考下面文章安装： https://zhuanlan.zhihu.com/p/583600465
- 如果没用root权限，使用conda安装（推荐）

# 首先退出刚进入的R控制台
quit()
# 使用conda安装
conda install r-devtools

备注： 当然也可以使用conda安装缺失的依赖包，然后再用R控制台重新安装devtools

# 首先退出刚进入的R控制台
quit()
# 通过conda安装缺失的依赖包（缺失啥，自己补）
conda install r-gert
conda install r-usethis
#然后再进入R
install.packages("devtools")
# 显示安装成功然后加载这个包
library(devtools)

使用devtools包从GitHub安装IRkernel，这是R的Jupyter内核。运行以下命令：
```
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
```
接下来，您需要在R中注册内核，这样Jupyter才能识别它。运行以下命令：
```
IRkernel::installspec(user = FALSE)
```
备注：权限不够把FALSE改为TURE，表示为当前用户安装。
现在，当您打开Jupyter时，应该能够在内核选项中看到R 4.3.3内核。

附：解决R语言的依赖教程

安装Seurat

直接install.packages('Seurat')安装会报错

Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘Cairo’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘SeuratObject’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘leiden’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘mutoss’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘qqconf’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘hdf5r’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘ggrastr’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘Seurat’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘Rfast’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘Rfast2’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("Seurat", dependencies = T, source = T):
“installation of package ‘metap’ had non-zero exit status”
Updating HTML index of packages in '.Library'

Making 'packages.html' ...
 done

简而言之意思就是需要提前安装Cairo等东西

解决办法：
打开自己的conda环境，输入如下命令（或许直接输入conda install r-seurat即可）

# 安装Cairo
conda install -c r r-cairo
# 安装Rfast
conda install -c conda-forge r-rfast
# 解决hdf5r安装失败：先安装hdf5
conda install -c anaconda hdf5
#或许直接输入下面的代码即可
conda install r-seurat

然后还会报错

Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 namespace ‘vctrs’ 0.4.1 is already loaded, but >= 0.4.2 is required
Traceback:

使用r语言更新vctrsinstall.packages('vctrs')，然后重启环境即可。
其他包版本过低，一样的方式处理即可（再次提示重启环境很重要）

-c 表示临时增加一个镜像， conda-forge 表示临时增加的镜像是官方默认网站conda-forge

附录
解决安装Rfast问题
https://hpc-discourse.usc.edu/t/error-installing-r-package-singlecellexperiment/633/5
解决conda环境中R包hdf5r编译失败的问题
https://www.jianshu.com/p/942c3d2780a2
linux使用conda 下载seurat包
https://zhuanlan.zhihu.com/p/584538710

安装dplyr报错之rlang’ 0.4.5,但需要的是＞= 0.4.10

就是版本太低了。。。。
安装XXXX报错之XXXXX’ X.X.X,但需要的是＞= X.X.XX 等等相似问题一样的解决方案：

删除rlang包，与刚才安装的dplyr包。

remove.package(“rlang”)
remove.package(“dplyr”)

然后重新

install.packages(“dplyr”)

当然也可以使用前文安装的devtools安装指定版本的R包。

导入包

library(“devtools”)

然后我们使用可以安装指定版本的函数，比如安装A包的话。

install_version(“A”,version=“0.4.10”)

posted @ 2024-04-12 22:58 kingwzun 阅读(360) 评论(0) 编辑收藏举报

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kingwzun

纯小白 远程Linux服务器无root权限，安装conda以及jupyter的R语言环境（一条龙；纯小白使用）

！！重要前置bash shell

1.Linux命令行安装anaconda

下载anaconda3的.sh安装包

安装Anaconda

配置环境变量

2.使用conda安装R语言环境以及R包（非root用户也可以）

附：老手精简版

2.1创建conda虚拟环境

2.2安装R语言

2.3 安装R包教程

2.3.1使用R安装R包

2.3.2使用conda安装R包

3.在jupyter上使用R语言

附： 老手精简版

小白教程

附：解决R语言的依赖教程

安装Seurat

安装dplyr报错之rlang’ 0.4.5,但需要的是＞= 0.4.10

公告

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附：老手精简版