摘要：
work4 证明函数是否是凸函数 题目：要求证明两个性质： Logistic函数 \(f(\mathbf{x}; \beta) = \frac{1}{1 + e^{-\beta^T \mathbf{x}}}\) 对参数 \(\beta\) 是非凸的。 对数似然函数 \(L(\beta) = -y_0 阅读全文
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一、绪 论 启发式小故事： AlphaGo 理论 算法 数据 建模 对策 学习16万局业余棋手比赛 AlphaGo Zero 3天后： 100:0 超越AlphaGo Lee 21天后：达到AlphaGo Master 40天后：超过所有之前的版本 Thoughts about AlphaGo Ze 阅读全文
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工具准备 R语言：Linux下无root权限安装R语言（conda安装和普通安装） python：conda安装 cellranger：后面用到会说 概述/扫盲 什么是单细胞 RNA 测序（scRNA-Seq）数据？ 单细胞 RNA 测序（single-cell RNA seq，scRNA-Seq） 阅读全文
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（单细胞下游分析——存储方式汇总，不同类型的数据读入） 数据读入采取scanpy库进行：scanpy库是用于单细胞数据分析的 Python 库 下面几种数据存储的核心数据都是一样的，只是格式不同。 .h5ad（anndata 数据格式） .h5ad数据结构解释（anndata 数据格式） 官方网站： 阅读全文
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简介及导入转自：torch.nn.Embedding使用 在RNN模型的训练过程中，需要用到词嵌入，使用torch.nn.Embedding可以快速的完成：只需要初始化torch.nn.Embedding(n,m)即可（n是单词总数，m是词向量的维度）(n是嵌入字典的大小，m是嵌入向量的维度。)。 阅读全文
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利用scanpy的calculate_qc_metrics函数计算adata的obs中的质量控制指标（n_genes_by_counts,total_counts等参数指标） ⚠️注意：只是计算相关质量控制指标，并不会筛选/过滤数据。 类似代码：Dandelion库的ddl.pp.recipe_sc 阅读全文
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增删基本命令 创建虚拟环境： # 创建pyhon＝3.8的版本环境，取名叫 my_env conda create -n my_env python=3.8 删除虚拟环境（谨慎操作） conda remove -n my_env --all 激活环境 conda activate my_env 安装 阅读全文
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SRAtool的官方教程：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/08.-prefetch-and-fasterq-dump 准备 安装Toolkits 建议conda安装，命令如下。(兼容性还行，没必要新建环境) conda install -c biocon 阅读全文
摘要：
dge.txt.gz格式简介 dge.txt.gz格式是Drop-seq format（一个单细胞RNA测序平台，三种常见基于液滴的单细胞RNA测序平台10X Genomics Chromium、inDrop和Drop-seq），也可能命名为.digital_expression.txt.gz。 D 阅读全文