R-独立性检验实例

数据

gwas.csv文件（两列表现型和基因型的表格，包含标题）

问题描述

• 读入gwas.csv数据，得到phenotype与genotype的列联表后，进行分析不同表现型的基因型是否一致。
• 基因型分为AA,Aa和aa 3种。

代码实现

data = read.csv("gwas.csv", header = T)
x = table(data)
x

y = x
y[, 2] = x[, 3]+x[, 2]  #将a/A和A/a合并为a/A列
y = y[, -3]  #去掉A/a列
y

chisq.test(y)  #原假设phenotype与genotype相互独立

结果展示

> x
         genotype
phenotype a/a a/A A/a A/A
  case     64  24  76  36
  control  98  84   0  18
>
> y
         genotype
phenotype a/a a/A A/A
  case     64 100  36
  control  98  84  18
>
> chisq.test(y)  #原假设phenotype与genotype相互独立

	Pearson's Chi-squared test

data:  y
X-squared = 14.527, df = 2, p-value = 0.0007006

　　结果表明，不同表现型的基因型不一致。