2018 年 12月 4 日随笔档案 - saber_master

2018年12月4日

摘要： Adapters counted: 144143Total time: 1548.035 seconds. Pairs: 50367942Joined: 9636485 19.132%Ambiguous: 40723752 80.853%No Solution: 7705 0.015%Too Sho 阅读全文

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HISAT, StringTie and Ballgown三件套——add to list

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关于允许碱基错配

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posted @ 2018-12-04 22:21 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0) 编辑

⭐基本脚本改变：bbmap-rimmomatic-hisat2-samtools-cufflinks／bbmap-rimmomatic-hisat2-samtools-stringtie-GffCompare-ballgrown

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posted @ 2018-12-04 21:39 saber_master 阅读(6) 评论(0) 推荐(0) 编辑

转录组测序中生物学重复如何来设

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不存在转录组的数据量比较小的生物，关键是测序深度

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posted @ 2018-12-04 17:34 saber_master 阅读(0) 评论(0) 推荐(0) 编辑

if fi

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关于R1和R2

摘要： 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | 这是由外端往里首先：1是粘到flowcell的端头，2有index，来判断具体的条道和样品和重复，3是adapter是用来判断方向 R1和R2是同方向的测序，它们是反向互补的，包括adapter和cDNA 阅读全文

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