摘要：
Metal Ion Modeling Tutorial 包含了Bonded Model，Nonbonded Model以及Cationic Dummy Atom Model 其中Bonded Model包含了两种方法，一种是MCPB；另一种是它的python版本MCPB.py，其优化了工作流，并使用 阅读全文
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摘要：
Metal Ion Modeling Tutorial 包含了Bonded Model，Nonbonded Model以及Cationic Dummy Atom Model 其中Bonded Model包含了两种方法，一种是MCPB；另一种是它的python版本MCPB.py，其优化了工作流，并使用 阅读全文
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生物信息学分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化：Jcat 核酸翻译为蛋白：Translate 序列比对和搜索：NCBI Blast，Uniprot Blast，HMMER，HHblits 序列比对的作图：ESPript， Jalview 蛋白质家族搜索：Tigr，pfam 引物设计的质量：MF 阅读全文
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2022.11.24更新：使用MMPBSA计算（小分子） 和 （蛋白+其它小分子）的结合自由能 MMPBSA是可以做的，实践上发现只能使用MMPBSA.py，或者MMPBA.py.MPI调用一个线程，不能并行。 例子：计算泛醇分子从LH1中解离后，在膜内的结合自由能。如果使用常规的MMPBSA，即只 阅读全文
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2023.10.7 问题描述2： 使用ubuntu22.04连接向日葵，无论是远程还是被远程，都会出现界面卡住不动的情况，点击鼠标和按键都没用。 解决： 打开系统登录界面，因为系统默认使用Wayland，所以我们将选项切换为“Ubuntu on Xorg”，登录系统后即可正常使用向日葵个人版的远程服 阅读全文
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默认的Ubuntu 18.04系统在登陆界面上是不支持root用户直接登录的，但是你可以使用下面的方法让Ubuntu 18.04也支持root登录，其他类似的版本参考在Ubuntu Kylin 18.10系统中使用root用户登陆的方法。通常情况下，在Ubuntu 18.04中的普通用户只能通过运行 阅读全文
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一、The information contained in different file types 红色标记表示与LEaP无关的信息 二、How Does LEaP Work? 阅读全文
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1 Building Systems 1.1 用pdb4amber准备PDB文件 学习结果： 了解Amber基本信息流中的步骤 了解pdb4amber命令的基本语法 介绍：pdb4amber -h 基本用法：pdb4amber -i pdbin.pdb -o pdbout.pdb [-options 阅读全文
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方法一：保存基态最小点结构，然后进行激发态计算 首先进行基态opt（不加激发态关键词即可），然后将log文件导入Gaussian view，保存最终结构，然后使用该结构进行激发态结构优化 方法二：两次计算写到一个输入文件；使用“--link1--”参数，顺次计算 %nproc=56%mem=20GB 阅读全文
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CONVERT 1，将图片转为MP4时报错 使用convert命令将图片转为MP4的时候(convert -delay 8 -loop 30 *jpg ./test.mp4)，有时候会发生下面的报错：convert: delegate failed `"ffmpeg" -v -1 -i "%F%%d 阅读全文
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