摘要：
7.4 Umbrella Sampling Example计算丙氨酸二肽 Phi/Psi 旋转的 PMF http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial17/index.php 1) Generating and Relaxing the Initial 阅读全文
|
摘要：
7.4 Umbrella Sampling Example计算丙氨酸二肽 Phi/Psi 旋转的 PMF http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial17/index.php 1) Generating and Relaxing the Initial 阅读全文
摘要：
1、重启 2、在启动选择系统内核界面，按e键进入单用户模式 3、找到linux16（或者linux） 开头行，删除ro，并且在ro处添加 rw init=/sysroot/bin/sh 4、按 ctrl + x 进行系统重新引导 5、执行 chroot /sysroot 6、执行passwd roo 阅读全文
摘要：
6.4 Adaptive Steered Molecular Dynamics 理论背景： SMD 利用施加steering力的伪粒子，以便以特定速度穿过反应坐标。 这个外力允许人们在MD模拟时间尺度的范围内观察分子的变化。 采用 Jarzynski 等式，在 SMD 模拟期间对系统执行的非平衡功可 阅读全文
摘要：
6.3 Using Accelerated Molecular Dynamics (aMD) to enhance sampling 英文官网：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial22/index.php 另外可参考 https://blog. 阅读全文
摘要：
NVT出现水分子空洞，以及NPT时盒子收缩的原理： For a periodic system, constant pressure is the only way to equilibrate density if the starting state isnot correct. For exa 阅读全文
摘要：
Ubuntu可以自动加载U盘 每当，拷贝新的文件，而空间不足的时候，就会删除原有的文件。 可是，它不是彻底删除，而是放在垃圾箱中（/home/mrc/.local/share/Trash/files）。 此时只需要去U盘目录下的回收站删除即可 /media/mrc/Ventoy/.Trash-100 阅读全文
摘要：
fedora软件版本内核版本最新，使用dnf包管理器管理软件。centos和红帽rhel是一样的，不求最新只求稳定。唯一的区别是centos不包含红帽的商业软件。 Fedora 是主要项目，它是一个基于社区的免费发行版，专注于快速发布新特性和功能。RHEL（红帽企业Linux）是基于该项目进展的企业 阅读全文
摘要：
一 x86、x86_64、AMD64 x86是指intel的开发的一种32位指令集，从386开始时代开始的，一直沿用至今，是一种cisc指令集，所有intel早期的cpu，amd早期的cpu都支持这种指令集，ntel官方文档里面称为“IA-32” x84_64是x86 CPU开始迈向64位的时候，有 阅读全文
摘要：
2024.1.28更新：主要对红色部分进行了更新。以避免当xyz坐标的数值连在一起时，使用split函数会导致index的数量不确定，进而造成后续提取元素超出index。 #python3 for add ACENME#ruichaomao,2022.1.4pro_list = ['ALA','AR 阅读全文
摘要：
https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/index.php 这部分主要学习如何限制键长键角二面角。 施加限制的prod.in文件如下： hold-npt &cntrl imin=0,irest=1,ntx=5, nstlim=50000000 阅读全文
|