计算之道

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12 2021 档案

摘要:https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/index.php 这部分主要学习如何限制键长键角二面角。 施加限制的prod.in文件如下: hold-npt &cntrl imin=0,irest=1,ntx=5, nstlim=50000000 阅读全文
posted @ 2021-12-28 11:17 计算之道 阅读(75) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:Metal Ion Modeling Tutorial 包含了Bonded Model,Nonbonded Model以及Cationic Dummy Atom Model 其中Bonded Model包含了两种方法,一种是MCPB;另一种是它的python版本MCPB.py,其优化了工作流,并使用 阅读全文
posted @ 2021-12-24 09:15 计算之道 阅读(761) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:生物信息学分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化:Jcat 核酸翻译为蛋白:Translate 序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比对的作图:ESPript, Jalview 蛋白质家族搜索:Tigr,pfam 引物设计的质量:MF 阅读全文
posted @ 2021-12-21 09:47 计算之道 阅读(570) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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