摘要：
原理： 激发态：原子或分子吸收一定的能量后，电子被激发到较高能级但尚未电离的状态。 每个态都有各自的势能面，都是几何坐标的函数。 振子强度小于0.01可以认为跃迁禁阻 激发态和基态具有不同的位能曲线和平衡核间距。 激发态去活的途径有：①辐射跃迁（荧光或磷光 )。②无辐射跃迁（系间窜越，内部转变）。③ 阅读全文
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原理： 激发态：原子或分子吸收一定的能量后，电子被激发到较高能级但尚未电离的状态。 每个态都有各自的势能面，都是几何坐标的函数。 振子强度小于0.01可以认为跃迁禁阻 激发态和基态具有不同的位能曲线和平衡核间距。 激发态去活的途径有：①辐射跃迁（荧光或磷光 )。②无辐射跃迁（系间窜越，内部转变）。③ 阅读全文
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charmm_executable < charmm_script.inp > charmm_output.out charmm –i 1.inp –o 1.out RTF（residue topology file）：包含了成键和电荷信息。Charmm包含了核酸，磷脂、蛋白和糖类的标准RTF文件 阅读全文
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2、删除背景 （1）导入PS，先使用魔法工具点击图片的背景处，程序自动判断并选中背景，然后点击delete，可以将背景去除； （2）如果有些地方需要手动去除，需要选择磁性索套工具，然后手动圈出来需要透明的地方，然后delete即可。 1、把多张图片快速制成Gif动态图，注意： （1）2017版本的保 阅读全文
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Namd2-gpu +p20 +devices 0,1,2,3 test.conf > test.log charm_run ++nodelist nodelist namd_2 +p80 ++ppn 20 ../../../ante/allff3/complex_popc/namd/prod_te 阅读全文
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首先应该注意区分序列相似性与序列同源性的关系，序列相似不一定同源，但是判定同源性关系的时候有些算法（Maximum likelihood除外）要考虑到序列相似性。序列相似性是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么，完成这一工作只需 阅读全文
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Note from> http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-1/ 1、生成拓扑 >gmx_mpi pdb2gmx -f pro2.pdb -o pro2.gro -water TIP3P >5 2、检查拓扑 3、定义单位盒子并填充溶剂 >gmx_mpi editco 阅读全文
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*一些操作： 运行R脚本：source (“Rscript”) 当前目录下的文件：dir() *画图 ########R语言画图 ###RMSD getwd() file <- read.csv("backbone_rmsd.csv",sep='',header = FALSE) options(m 阅读全文
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一、Snapshot（用不同颜色显示蛋白不同二级结构，用不同颜色显示不同小分子，显示连键） >load name.pdb,name #>fetch object #>disable object-name #>enable object-name #>delete selection-name #> 阅读全文
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4、想要在windows下查看每个文件夹的存储占用，可以下载使用Folder Size Explorer 软件 3、Cmd知识 1、 chdir == pwd 2、 想要切换到d盘，直接输入d：就行 3、 改变命令行字体颜色：color[1,2,3…],改变背景和字体color[11,12,23.. 阅读全文
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使用密钥登录（不使用密码）1、首先生成密钥，在任意目录下输入命令：ssh-keygen -t rsa -P ''-P表示密码，-P ''表示空密码之后系统会提示输入生成的密钥文件的文件名，可以输入任意名称，比如id_rsa，回车系统会在当前目录下生成id_rsa与id_rsa.pub两个文件2、在根 阅读全文
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以前在linux上没有使用分屏操作，有些时候需要打开两个终端，还得把他们对齐，甚是不方便 相比于tmux需要记一些简单的快捷命令，terminator甚至连快捷命令都不用记，相当于windows的软件，右键就有分屏操作 不过安装好需要自己设置一下显示方式，字体、背景等等 字体选择ubuntu Mon 阅读全文
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（1）一个python环境中需要有一个解释器（python2和python3），一个包集合（自带包和第三方包，后者一般通过pip下载）。 （2）常用命令首先激活anaconda才能使用: conda activate *Conda --version #查看版本 *conda create --na 阅读全文
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7、Writelines可以把一个列表挨行写进文件 6、函数startswith，判断开头 5、接收命令行中的参数>>>>argparse模块 参考： https://www.cnblogs.com/yymn/p/8056436.html 4、format格式化 输入： 输出： 3、if __nam 阅读全文
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到目前为止，在我们的程序中，我们都是根据操作数据的函数或语句块来设计程序的。这被称为 面向过程的 编程。还有一种把数据和功能结合起来，用称为对象的东西包裹起来组织程序的方法。这种方法称为 面向对象的 编程理念。在大多数时候你可以使用过程性编程，但是有些时候当你想要编写大型程序或是寻求一个更加合适的解 阅读全文
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2、查看模块中的方法： （1）命令行下：pydoc os （2）交互模式：help(“os”) 1、导入第三方模块。 #包含模块代码的文件名就是模块名。 （1）告诉编译器去哪里找模块。将写好的程序放进一个文件夹下，用sys去append这个文件夹的绝对路径，即可调用 （2）把程序放入默认调用的文件夹 阅读全文
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用pip安装pyinstaller，然后执行pyinstaller.exe -F -i code.ico ttest1.py PS：如果不想让程序运行完就退出cmd窗口，最后用os.system(“pause”) 阅读全文
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3、Python的种类以及其执行过程 先说我的理解：python是一个先编译再解释型语言。python.exe(python解释器)先将源码编译成字节码(.pyc,不是二进制码), 然后通过解释器解释成机器文件(二进制)。所以说python是一种先编译后解释的语言 Cpython Python的官方 阅读全文
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