计算二级结构含量

1、PDB

单纯PDB的话可以直接用VMD来计算，

#二级结构
puts $eledat "################################# Sec_struct ################################"
set intein_CA [atomselect top "residue $resi_init to $resi_end and name CA"]
set sec_list [$intein_CA get structure]
#vmd识别TEBHGIC7种，这里将loop区域定为Turn(T)和Coil(C)
set tCount 0
foreach char $sec_list {if {[string equal $char "C"] || [string equal $char "T"]} {incr tCount}}
#echo $tCount $len_I      #len_I为蛋白质氨基酸总数，需要提前获取
#set tRatio [expr {double($tCount) / double($len_I)} * 100]
set tRatio [expr {double($tCount) / double($len_I)}]
set formattedRatio [format "%.2f" $tRatio]
puts $eledat "Sec_Turn+Coil_ratio: $formattedRatio"

2、MDs trajs

轨迹的话可以用cpptraj来计算（内置dssp），
parm ../../../01_01+M86-N1+M86-C1.prmtop
#trajin ../../prod/prod.nc 3001 5000 1
trajin ../../../01_01+M86-N1+M86-C1.inpcrd
reference ../../../01_01+M86-N1+M86-C1.inpcrd
##dssp
secstruct :1-400 out dssp.out
run
quit

cpptraj输出的第一行是标题行。从第二行开始，每一行包含每个氨基酸对应的二级结构，包含上述8种二级结构，其中，0指的是Coil