【AMBER】隐式溶剂模拟运行时间比显式长？

    在对M86-S1体系进行显式溶剂模拟时的原子数为67644，而隐式溶剂模拟时的原子数为6296。原本以为隐式溶剂MD模拟要比显式的快得多，但是查看速度发现前者的速度为261 ns/day，而后者的速度为135 ns/day。

    本来觉得是不是我电脑的原因，后来使用其它机器做测试，发现还是一样的情况。最后在这里找到了答案：

    there is a strong reason why implicit solvent simulations are sometimes slower than explicit ones. Explicit solvent simulations only have a short cutoff for the direct non-bonded interactions, while the rest is done if fourier space. Implicit solvent simulations need to compute all non-bonded pairs. Hence, for small systems, implicit is faster than explicit, but for a system like yours, explicit actually wins.

    总之就是，对于小体系的话，隐式比显式快，而对于大体系的话，显式模型可能更胜一筹。原因是，速度快慢取决于非键相互作用的计算，显式溶剂模拟有非键截断距离，而隐式溶剂模拟需要计算所有原子的非键相互作用。

 

附：prod.in文件

For Implicit:
 &cntrl
    imin=0,irest=1,ntx=5,
    nstlim=1000000,
    igb=8,gbsa=3,surften=0.007,saltcon=0.0,
    dt=0.002,ntc=2,ntf=2,
    cut=1000.0,
    ntpr=500, ntwx=5000,ntwr=10000,
    ntt=3, gamma_ln=1.0, ig=-1,
    temp0=310.0,
    ntb=0,
    ioutfm=1,ntxo=1,
    /

For explicit:

 &cntrl
    imin=0,irest=1,ntx=5,
    nstlim=1000000,
    dt=0.002,ntc=2,ntf=2,
    cut=12.0,
    ntpr=500, ntwx=2500,ntwr=50000,
    ntt=3, gamma_ln=2.0,
    temp0=310.0,
    ntp=1, ntb=2,
    ioutfm=1,ntxo=1,
    iwrap=1,
    /