摘要：一、拓扑+坐标结构转换 1. 利用Acpype ：Amber 转gromacs（gromacs第一个教程上推荐的） acpype -p comp.prmtop -x comp.inpcrd comp.prmtop以及comp.inpcrd 是利用Amber构建好的文件，输入上述命令 ，生成solva 阅读全文

摘要：原文章链接（侵删）：https://bohrium.dp.tech/notebooks/9747927953 在完成分子动力学模拟之后，需要对模拟轨迹进行分析，计算径向分布函数（Radial Distribution Function, RDF）即是一种常见的分析。大多分子动力学模拟软件提供了计算R 阅读全文

摘要：1、PDB 单纯PDB的话可以直接用VMD来计算， #二级结构puts $eledat "################################# Sec_struct ################################"set intein_CA [atomselect t 阅读全文

摘要：在对M86-S1体系进行显式溶剂模拟时的原子数为67644，而隐式溶剂模拟时的原子数为6296。原本以为隐式溶剂MD模拟要比显式的快得多，但是查看速度发现前者的速度为261 ns/day，而后者的速度为135 ns/day。 本来觉得是不是我电脑的原因，后来使用其它机器做测试，发现还是一样的情况。最 阅读全文

摘要：Alphafold2有docker和conda两种安装方式，官方提供的是docker版本的安装教程，conda版是民间修改版。 怀揣不信民间”歪门邪道“的想法，我原本更倾向于按照官方提供的流程进行部署，然而最后没有成功。。。很重要的一个原因是alphafold2本地部署的相关教程和讨论太少了，当然这 阅读全文

摘要：点吧点吧 氨基酸，碱基，元素的增删改 使用内置的Builder插件即可。 实战注意事项：在添加氨基酸的时候，如果C末端残基是以OXT结尾的氨基酸，就无法添加，应该把OXT去掉或者采取其他方案。 窗口拆分和合并 在Display->Toggle Floating 可以拆分这2个窗口，快捷键是Ctrl+ 阅读全文

摘要：NVT出现水分子空洞，以及NPT时盒子收缩的原理： For a periodic system, constant pressure is the only way to equilibrate density if the starting state isnot correct. For exa 阅读全文

摘要：本来觉得挺简单一操作，谁知道竟还是浪费了些时间在这（被gaussian09坑了），遂记录一下。 拟合RESP电荷目前知道的方法有使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷，以及Multiwfn拟合RESP电荷（很简单也很方便，参考Sob大神写的http://sobereva.com 阅读全文