计算之道

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随笔分类 -  Molecular Simulation

分子模拟学习
摘要:一、拓扑+坐标结构转换 1. 利用Acpype :Amber 转gromacs(gromacs第一个教程上推荐的) acpype -p comp.prmtop -x comp.inpcrd comp.prmtop以及comp.inpcrd 是利用Amber构建好的文件,输入上述命令 ,生成solva 阅读全文
posted @ 2024-12-03 10:08 计算之道 阅读(94) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:原文章链接(侵删):https://bohrium.dp.tech/notebooks/9747927953 在完成分子动力学模拟之后,需要对模拟轨迹进行分析,计算径向分布函数(Radial Distribution Function, RDF)即是一种常见的分析。大多分子动力学模拟软件提供了计算R 阅读全文
posted @ 2024-04-08 11:22 计算之道 阅读(4006) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:1、PDB 单纯PDB的话可以直接用VMD来计算, #二级结构puts $eledat "################################# Sec_struct ################################"set intein_CA [atomselect t 阅读全文
posted @ 2024-04-01 15:42 计算之道 阅读(39) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:在对M86-S1体系进行显式溶剂模拟时的原子数为67644,而隐式溶剂模拟时的原子数为6296。原本以为隐式溶剂MD模拟要比显式的快得多,但是查看速度发现前者的速度为261 ns/day,而后者的速度为135 ns/day。 本来觉得是不是我电脑的原因,后来使用其它机器做测试,发现还是一样的情况。最 阅读全文
posted @ 2024-01-23 11:07 计算之道 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:Alphafold2有docker和conda两种安装方式,官方提供的是docker版本的安装教程,conda版是民间修改版。 怀揣不信民间”歪门邪道“的想法,我原本更倾向于按照官方提供的流程进行部署,然而最后没有成功。。。很重要的一个原因是alphafold2本地部署的相关教程和讨论太少了,当然这 阅读全文
posted @ 2023-12-15 15:57 计算之道 阅读(1300) 评论(1) 推荐(0) 编辑

摘要:点吧点吧 氨基酸,碱基,元素的增删改 使用内置的Builder插件即可。 实战注意事项:在添加氨基酸的时候,如果C末端残基是以OXT结尾的氨基酸,就无法添加,应该把OXT去掉或者采取其他方案。 窗口拆分和合并 在Display->Toggle Floating 可以拆分这2个窗口,快捷键是Ctrl+ 阅读全文
posted @ 2023-10-26 15:57 计算之道 阅读(1042) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:NVT出现水分子空洞,以及NPT时盒子收缩的原理: For a periodic system, constant pressure is the only way to equilibrate density if the starting state isnot correct. For exa 阅读全文
posted @ 2022-04-20 09:15 计算之道 阅读(379) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要:本来觉得挺简单一操作,谁知道竟还是浪费了些时间在这(被gaussian09坑了),遂记录一下。 拟合RESP电荷目前知道的方法有使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷,以及Multiwfn拟合RESP电荷(很简单也很方便,参考Sob大神写的http://sobereva.com 阅读全文
posted @ 2020-12-20 12:58 计算之道 阅读(4889) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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