vcf-tools 笔记

vcf-query:

通过 vcf-query 提取DP (reads depth).

~/zengs/Tools/vcftools/perl/vcf-query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\t%INFO/DP\n' my.vcf | awk '{if($1==1) print  $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5 }'  > my.vcf.DP

　　

posted @ 2016-11-08 06:45  censai  阅读(803)  评论(0)  编辑  收藏  举报