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2017年11月29日 #

Picard Tools

摘要: Picard Tools - By Broad Institute http://broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html java version "1.8.x" Full list of Picard tools Add 阅读全文

posted @ 2017-11-29 15:04 YZ_JinHH 阅读(1305) 评论(0) 推荐(0) 编辑

samtools 工具

摘要: 软件地址: 功能三大版块 : Mapping To prepare the reference for mapping you must first index ( BWT:Burrows Wheeler Transform 索引算法,耗时较长,安排好时间) Ensure that the @RG 阅读全文

posted @ 2017-11-29 14:20 YZ_JinHH 阅读(461) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年11月28日 #

Alien::BatToExeConverter 模块应用

摘要: ## DOS 下批量任务转换成exe二进制可执行文件 Convert a DOS Batch Script to an Executable Alien::BatToExeConverter::bat2exe( bat => 'C:\strawberry\perl\bin\foo.bat', exe 阅读全文

posted @ 2017-11-28 16:43 YZ_JinHH 阅读(175) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Python 版本之 Anaconda

摘要: Anaconda概述 Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版,支持 Linux, Mac, Windows系统,提供了包管理与环境管理的功能,可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和envir 阅读全文

posted @ 2017-11-28 11:24 YZ_JinHH 阅读(219) 评论(0) 推荐(0) 编辑

正则表达式笔记

摘要: 正则存在的意义: 本文文件或者内容匹配,往往需求不是固定的去匹配查找一个东西,比如:abc 当需要拓展匹配展现一些结果时,定义了一套匹配规则,用于拓展查找方式和能力 转义和固有意义对立存在,比如 $ \$ + \+ . \. \w 。。。 衍生了特殊字符和量词以及其他复杂组合,迎合查找的特定环境需求 阅读全文

posted @ 2017-11-28 09:51 YZ_JinHH 阅读(146) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2017年11月27日 #

基因组共线性分析方法

摘要: # 版本1 链接地址:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 作者: wyp 版本:Perl # 版本2 链接地址:http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/mcscan/ 作者:唐海宝 (福建农林大学) 海峡联合研究院: htt 阅读全文

posted @ 2017-11-27 17:49 YZ_JinHH 阅读(6495) 评论(0) 推荐(0) 编辑

认识一下生物信息领域的文件格式

摘要: # interproscan 提到的格式 TSV 是Tab-separated values的缩写,即制表符分隔值。 CSV,Comma-separated values(逗号分隔值)。 注意:IANA规定的标准TSV格式,字段值之中是不允许出现制表符 Python对TSV文件的支持: Python 阅读全文

posted @ 2017-11-27 15:59 YZ_JinHH 阅读(510) 评论(0) 推荐(0) 编辑

RNA分析要点

摘要: 1. 有参与无参转录组分析 2. lncRNA分析 以RNA-Seq测序技术为基础的转录组测序作为高通量测序时代核心技术之一,已在生物科学及医学领域前沿研究中获得广泛应用。RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究,具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点,真核生物的基因 阅读全文

posted @ 2017-11-27 10:27 YZ_JinHH 阅读(517) 评论(0) 推荐(0) 编辑

circos 绘制关系型图ribbon,并加入透明度

摘要: luminance = lum80<<include colors_fonts_patterns.conf>><colors># r,g,b,a color definition# a = 0 fully opaque# a = 1 fully transparent</colors><<inclu 阅读全文

posted @ 2017-11-27 10:16 YZ_JinHH 阅读(1619) 评论(0) 推荐(0) 编辑

蛋白序列GO号注释及问题

摘要: # 版本1 InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和G 阅读全文

posted @ 2017-11-27 10:10 YZ_JinHH 阅读(1544) 评论(0) 推荐(0) 编辑