samtools flagstat

samtools flagstat命令简介：

        统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示。每一项统计数据都由两部分组成，分别是QC pass和QC failed，表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量。以“PASS + FAILED”格式显示。还可以根据samtools的标志位显示相应的内容，但是这里不做讨论。

        命令格式：

                samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram>

        运行flagstat命令得到的结果如下图所示。

        

        从第一行至第十一行分别表示：

        1.  QC pass的reads的数量为2499917，未通过QC的reads数量为0，意味着一共有2499971条reads；

        2.  重复reads的数量，QC pass和failed

        3.  比对到参考基因组上的reads数量；

        4.  paired reads数据数量；

        5.  read1的数量；

        6.  read2 的数量；

        7.  正确地匹配到参考序列的reads数量；

        8.  一对reads都比对到了参考序列上的数量，但是并不一定比对到同一条染色体上；

        9.  一对reads中只有一条与参考序列相匹配的数量； 

        10.  一对reads比对到不同染色体的数量；

        11.  一对reads比对到不同染色体的且比对质量值大于5的数量。