使用bioawk对基因组fasta序列ID（染色体/scaffold名称）排序？

目录

• 需求
• 实现

需求

已知某基因组序列，染色体或scaffold ID顺序不定，想要对其按数字排序。

原顺序：

想要的排序结果：

实现

使用bioawk，没有的话conda直接安装。

bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa |  \
  sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa

https://www.biostars.org/p/494201/