【6】肿瘤胚系突变遗传分析及数据库使用

目录

遗传性肿瘤简介

  • 遗传性肿瘤综合征：由于遗传性原因导致的染色体和基因异常，造成系统性肿瘤患病几率大大增加
  • germline variant：存在所有细胞中
  • somatic mutation：仅存在肿瘤细胞中
  • 多数遗传性肿瘤为常染色体显性遗传（AD遗传）：父母的致病突变有50%概率遗传给后代，外显不全（携带不一定表现），遗传易感性（好患某种遗传病倾向）
  • 家族聚集性：家族中多位相同或不同肿瘤患者（同类致病基因导致）
  • 早发：45岁之前
  • 多原发：双侧肿瘤 / 多个原发灶同一病人 / 同时多种肿瘤
  • 罕见肿瘤
  • 肿瘤是一种基因病，它不是突然发生的（缓慢的过程），只是突然被发现的。所以及时早筛

检测和分析流程

  • 位点检测 VS 目标区域捕获
  • 遗传性肿瘤基因检测

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  • 产品示例

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  • 肿瘤基因检测流程
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遗传解读介于信息与遗传咨询之间（转化为通俗易懂语言）

如何生成一份报告

  • 遗传肿瘤分析整体流程
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    ①人群数据检索
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    ②突变类型判断
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    ③常用数据库检索
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    常用数据库：
  • NCBI——ClinVar（单个位点详细信息），Gene，Pubmed
  • OMIM：在线人类孟德尔遗传信息，包含了支持基因与疾病关系和疾病机理的代表性基因变异
  • BIC：也比较权威，需要账号
  • HGMD：免费和商用版
  • ARUP：mutation database
  • LOVD：突变位点查询
  • UMD数据库

④文献检索
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力求找到所有文献
SNV文献检索：
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CNV文献检索：

  • HGMD中查找对应CNV变异，查阅链接文献
  • 谷歌检索：基因+外显子 Del（或DUP）

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文献溯源（找到附件的原文）：

  • 文件名/sheet/表格标题中的特征信息：附件自带命名或去掉S1/T1等字样后检索
  • 附件内容中的特征信息
  • 网址中的特征信息：如附件域名，或多个附件的部分域名查询（如去掉附件中的mmc），或用附件网址
  • 利用官网
  • 附件属性中的特征信息：如附件的作者，日期等

⑤软件预测
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  • 氨基酸变化预测网站：推荐HGVS（人类基因组变异协会）命名变异，使用命名工具mutalyzer对基因变异的HGVS命名进行检验
  • 功能预测：SIFT，PolyPhen2，Mutation Taster
  • 结构域查询：uniprot
  • Varsome
  • InterVar

⑥汇总证据，确定变异分级
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⑦确定为点，报出逻辑
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⑧报告撰写
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实例

  • 并不是所有的同义突变都是良性突变

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  • 并不是所有的烈性突变都是有害突变

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  • 疾病不对应
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肿瘤基因组临床应用专题：
【1】 肿瘤医学研究前言进展
【2】肿瘤基因检测相关技术原理
【3】肿瘤基因组数据分析方法概述
【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件
【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程
【6】肿瘤胚系突变遗传分析及数据库使用
【7】基于NGS检测体系变异解读和数据库介绍
【8】肿瘤临床遗传咨询及案例分析

posted @ 2020-08-28 09:28  生物信息与育种  阅读(3495)  评论(0)  编辑  收藏  举报