【1】 肿瘤医学研究前言进展

1.基本概念

  • 癌症是个很宽泛的概念/疾病。临床上的细致划分
  • 异常增殖,长期发展,引发因素,基因突变+个人习惯+环境
  • 病原感染/中国特色:乙肝病毒、HPV、EB病毒、幽门螺杆菌......,基因嵌入
  • 突变积累
  • 人类基因组计划与癌症基因组
  • 基因突变类型
  • 转录水平
  • 表观遗传,CpG
  • 癌基因与抑癌基因。大象不易患癌症?p53拷贝数多
  • 癌基因KRAS:集中,少
  • 抑癌基因APC:突变位点分散,多
  • DNA修复基因Brac1/2:累积增加风险
  • 肿瘤微环境:肿瘤细胞本身——影响周边
  • 癌症多基因突变
  • 细胞通路基因
  • 分子定义、检测、诊断肿瘤,高通量多组学

2. 癌症基因组学发现

  • 大计划:ICGC(超2.5万例)、TCGA
  • 单癌种——泛癌(PCAWG)
  • 肺癌为例:形态学——分子水平——全基因组
  • 已经做了这么多,还需要做大队列?还有很多与癌症相关的基因功能不明确
  • 已经做了外国人,要做中国人?异质性
  • 大样本,一个案例的研究模式
    高频突变基因发现(常见的和潜在的);
    关键基因如KRAS/TP53在原发灶与转移灶区别;
    预后分析:变好or更差?
    不同组学与临床关系,signature;
    单癌种多组学
    单组学泛癌种研究
    变异特征及致癌机制研究,signature。特定类型与临床表型对应起来。如突变特征signature与致癌因素的关联
    病毒感染的机制。
  • 研究的设计巧妙性,样本不多时,癌症个体异质性与演化,变异的演化

3.罕见肿瘤

  • 癌症比较基因组:比较EBV相关癌症的变异特征,如肺淋巴上皮瘤样癌与鼻咽癌、NKT淋巴瘤。常见亚型、少见亚型

4.癌症免疫组学

  • 癌症免疫基因组及免疫微环境:肿瘤细胞与免疫细胞关系,免疫逃逸机制
  • 原发?多原发?原发灶转移?
  • 转录组肿瘤细胞浸润
  • 不同免疫细胞功能
  • 肿瘤新抗原预测
  • 免疫组库:免疫多态性
  • 单细胞:分类为不同细胞类型,B,T cells

5.液体活检

  • 血液游离:cfDNA,外泌体
  • 单基因——多基因panel
  • 临床结合,预测,预后疗效改变,监控治疗过程

6.方向

  • 后TCGA时代癌症研究:大队列/长期追踪项目,免疫治疗疗效代表的临床应用研究,新型诊断/治疗方法
  • 科学发现——临床问题

肿瘤基因组临床应用专题:
【1】 肿瘤医学研究前言进展
【2】肿瘤基因检测相关技术原理
【3】肿瘤基因组数据分析方法概述
【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件
【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程
【6】肿瘤胚系突变遗传分析及数据库使用
【7】基于NGS检测体系变异解读和数据库介绍
【8】肿瘤临床遗传咨询及案例分析

posted @ 2020-08-25 09:43  生物信息与育种  阅读(591)  评论(0编辑  收藏  举报