【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列
输入
input.txt
ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC
ATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT
ATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC
ATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA
ATTCGATTATAAGCACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA
编码
file = open("input.txt")
output = open("trimmed.txt","w")
for dna in file:
trimmed_dna = dna[14:] #接头特定长度14
trimmed_length = len(trimmed_dna) - 1
output.write(trimmed_dna)
print("processed sequence with length" + str(trimmed_length))
输出
trimmed.txt
TCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC
ACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT
ATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC
ACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA
ACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA
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