【Linux】非root安装Python3及其包管理

1. Python 3.8.1安装

源码安装常规操作:

wget -c https://www.python.org/ftp/python/3.8.1/Python-3.8.1.tgz
tar -xvf Python-3.8.1.tgz
mkdir -p /my/python/
cd Python-3.8.1
./configure --prefix="/my/python/"
make
make install

make后没报错,但出现了如下提示:

Could not build the ssl module!
Python requires an OpenSSL 1.0.2 or 1.1 compatible libssl with X509_VERIFY_PARAM_set1_host().
LibreSSL 2.6.4 and earlier do not provide the necessary APIs, https://github.com/libressl-portable/portable/issues/381

下载libssl(替代openssl)
https://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/LibreSSL/
源码编译安装成功。我想指定libssl来编译python3,做了如下尝试:

export LDFLAGS=" -L/zfssz3/SP_MSI/USER/pengjianxiang/software/INSTALL/LibreSSL23/lib"
export CPPFLAGS=" -I/zfssz3/SP_MSI/USER/pengjianxiang/software/INSTALL/LibreSSL23/include"
export PKG_CONFIG_PATH="/zfssz3/SP_MSI/USER/pengjianxiang/software/INSTALL/LibreSSL23/lib/pkgconfig"

然后加参数试试。

./configure –prefix=/my/python –enable-shared CFLAGS=-fPIC #提示没这个参数
./configure –prefix=/my/python --with-openssl=/my/libssl/path #编译报错

看一些教程,修改Modules/Setup文件,把这些行取消注释。

#SSL=/usr/local/ssl  #改为我安装的ssl路径,尝试了也没用
#_ssl _ssl.c \
#       -DUSE_SSL -I$(SSL)/include -I$(SSL)/include/openssl \
#       -L$(SSL)/lib -lssl -lcrypto

以上方法都不行。

最后干脆忽略make提示的这一句,反正它又不是error,直接安装。装成功了。
image.png

Python 3.8.1 (default, Feb 12 2020, 13:03:12)
[GCC 4.9.3] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> print("hello python3")
hello python3
>>>

但是这个SSL的问题在后续会显现。有答案(https://www.cnblogs.com/zhangweiyi/p/10614658.html)说安装python时,应该加这么个参数,否则后续有很多包安装不上:

./configure --prefix=/my/path/python38 --with-ssl # pip3会用到ssl模块,没有指定的话后续该功能不能使用

2. Python3配置及其包安装管理

将python3加入环境变量
系统中我还有个python2.7在用,也加入了环境变量。为了使用的时候能区分版本,加入的时候要注意名字的差异。

python2的bin目录如下,可知用python/python2以及pip/pip2均可:
image.png

成功安装后的python3的bin目录如下,可以用python3/python3.8以及pip3/pip3.8。

image.png

如果安装的python3和python2有重名的话,最好是重命名一下区分后再加入环境中。这里因为我安装后的名字本来就有区分,就可直接加入环境变量了。

环境变量在bash_profile或bashrc中设置都可以,我习惯了bashrc了:

vim ~/.bashrc
# python3/pip3 环境变量
export PATH=/my/path/Python38/bin:$PATH
source ~/.bashrc

查看下是否可以:

which python
>>>/my/path/Python-2.7.15/bin/python
which python2
>>>/my/path/Python-2.7.15/bin/python2
which pip
>>>/my/path/Python-2.7.15/bin/pip
which pip2
>>>/my/path/Python-2.7.15/bin/pip2

which python3
>>>/my/path/Python38/bin/python3
which pip3
>>>/my/path/Python38/bin/pip3

所以若要用python2时,使用python或python2;若用python3时,使用python3即可。

包的路径设置
除了python要设置外,python包的位置也需要定义,不同版本无法相互安装,容易发生冲突。

export PYTHONPATH=/my/path/Python38/lib/python3.8/site-packages

site-packages是python默认安装包的位置,可查看已安装哪些包。也可用pip3 list查看安装包列表。
image.png

包的安装

设置python3的包路径之后,有些包如果直接用pip3 install安装也会出现问题。

建议用某一个版本安装包时,最好是在.bashrc将另一个版本的python和pythonpath注释掉,以免冲突。安装完成或者需要互换时再切换回来。

pip3 install numpy
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement numpy (from versions: none)
ERROR: No matching distribution found for numpy
WARNING: pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available.

这很有可能是网络的问题,需要使用国内的镜像源来加速,比如豆瓣源。

pip3 install numpy -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com

image.png
总之,安装包首先需要联网,如果安装失败,多种方法都可以尝试下,包括加国内镜像源,或者换镜像源:

pip3 install numpy
pip3 install numpy -i http://pypi.douban.com/simple
pip3 install numpy -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com
pip3 install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

国内的镜像源有:
清华:https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
阿里云:http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
华中理工大学:http://pypi.hustunique.com/
山东理工大学:http://pypi.sdutlinux.org/
豆瓣:http://pypi.douban.com/simple/

如果觉得每次安装包都需要加镜像源很麻烦,也可进行一次性永久性修改,在~/.pip/pip.conf (没有就创建一个文件夹及文件。文件夹要加“.”,表示是隐藏文件夹)中添加内容:

[global]
index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
[install]
trusted-host=mirrors.aliyun.com

但不建议这么做,因为我觉得各个镜像源的包都不是很全,安装时可以互相补充。很多包其实用默认的反而能安装成功。

如果不确定包名(python2可能与python3有出入),可用pip search package来查看,再安装功能相同的包。比如smtplib模块(发送邮件),如果直接用install是安装不上的:

$ pip3 install smtplib
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement smtplib (from versions: none)
ERROR: No matching distribution found for smtplib

pip3 search smtplib后,可以看到这么多功能类似的包。这里我们安装PyEmail
image.png
就可以直接导入smtplib模块了。

Python 3.8.1 (default, Feb 13 2020, 10:49:45)
[GCC 4.9.3] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import OptionParser
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'OptionParser'
>>> import smtplib
>>> exit()

同样地,如果直接安装MIMEMultipart包会失败,search一下。
image.png
安装这个包后,可导入我们之前用的许多python2模块了。

Python 3.8.1 (default, Feb 13 2020, 10:49:45)
[GCC 4.9.3] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import email.mime.multipart
>>> from optparse import OptionParser
>>> from email.mime.multipart import MIMEMultipart
>>> from email.mime.text import MIMEText

导入包
安装好的包导入试试:
image.png


问题

很多包装不上,报如下错:

WARNING: Retrying (Retry(total=0, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/optionparser/
  Could not fetch URL https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/optionparser/: There was a problem confirming the ssl certificate: HTTPSConnectionPool(host='pypi.mirrors.ustc.edu.cn', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/optionparser/ (Caused by SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")) - skipping
  ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement optionparser (from versions: none)
ERROR: No matching distribution found for optionparser
WARNING: You are using pip version 19.2.3, however version 20.0.2 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.

简单说就是Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available,这是因为安装python时未能安装ssl的遗留问题(上面那个答案说加--with-ssl选项,然而并没有这个选项)。python3的ssl模块(ssl用来采集https后缀的链接)必须用openssl并且版本必须大于等于1.02或者libressl2.64(不含)以后的版本,而默认linux的是1.01。有回答说openssl貌似有漏洞,建议用libressl来替代。

image.png

系统自带的openssl版本与python3的版本不匹配,所以这里只要安装libressl就可以解决问题。网上教程都是有root权限修改配置文件,再建立硬链接,但我因为没有root权限,还是比较麻烦的。

下一篇(Linux非root安装Python3以及解决SSL问题)将通过升级openssl,并重新编译python3来彻底解决这个问题。

Ref: https://blog.csdn.net/love_cjiajia/article/details/82254371
https://www.cnblogs.com/Caiyundo/p/9469711.html
https://blog.csdn.net/qq_38486203/article/details/88864506
https://www.cnblogs.com/lijinze-tsinghua/p/8666558.html
https://www.cnblogs.com/songzhixue/p/11296720.html
https://www.cnblogs.com/mengzhilva/p/11059329.html

posted @ 2020-02-14 16:23  生物信息与育种  阅读(2319)  评论(0编辑  收藏  举报