Algorithm --> 最长公共子序列(LCS)

 
一、什么是最长公共子序列
   
  什么是最长公共子序列呢?举个简单的例子吧,一个数列S,若分别是两个或多个已知序列的子序列,且是所有符合条件序列中最长的,则S称为已知序列的最长公共子序列。
  举例如下,如:有两个随机数列,1 2 3 4 5 6 和 3 4 5 8 9,则它们的最长公共子序列便是:3 4 5。
 
     最长公共子串(Longest Common Substirng)和最长公共子序列(Longest Common Subsequence,LCS)的区别为:子串是串的一个连续的部分,子序列则是从不改变序列的顺序,而从序列中去掉任意的元素而获得新的序列;也就是说,子串中字符的位置必须是连续的,子序列则可以不必连续。
 
 
 
二、解决方案

<1> 枚举法

       这种方法是最简单,也是最容易想到的,当然时间复杂度也是龟速的,我们可以分析一下,刚才也说过了cnblogs的子序列个数有27个 ,延伸一下:一个长度为N的字符串,其子序列有2N个,每个子序列要在第二个长度为N的字符串中去匹配,匹配一次需要O(N)的时间,总共也就是O(N*2N),可以看出,时间复杂度为指数级,恐怖的令人窒息。

 

<2> 动态规划

最长公共子序列的结构有如下表示:

设序列X=<x1, x2, …, xm>和Y=<y1, y2, …, yn>的一个最长公共子序列Z=<z1, z2, …, zk>,则:
   1> 若 xm=yn,则 zk=xm=yn,且Zk-1是Xm-1和Yn-1的最长公共子序列; 
   2> 若 xm≠yn且 zk≠xm ,则 Z是 Xm-1和 Y的最长公共子序列;
   3> 若 xm≠yn且 zk≠yn ,则 Z是 X和 Yn-1的最长公共子序列;
 
现有两个序列X={x1,x2,x3,...xi},Y={y1,y2,y3,....,yi},设一个C[i,j]: 保存Xi与Yj的LCS的长度,递推方程为:

代码:

    //只能打印一个最长公共子序列
    #include <iostream>
    using namespace std;
     
     const int X = 100, Y = 100;        //串的最大长度
     char result[X+1];                    //用于保存结果
     int count=0;                        //用于保存公共最长公共子串的个数

     /*功能:计算最优值
      *参数:
      *        x:字符串x
      *        y:字符串y
      *        b:标志数组
      *        xlen:字符串x的长度
      *        ylen:字符串y的长度
      *返回值:最长公共子序列的长度
      *
      */
     int Lcs_Length(string x, string y, int b[][Y+1],int xlen,int ylen)
     {
         int i = 0;
         int j = 0;

         int c[X+1][Y+1];
         for (i = 0; i<=xlen; i++)
         {
             c[i][0]=0;
         }
         for (i = 0; i <= ylen; i++ )
         {
             c[0][i]=0;
         }
         for (i = 1; i <= xlen; i++)
         {
             for (j = 1; j <= ylen; j++)
             {
                 if (x[i - 1] == y[j - 1])
                 {
                     c[i][j] = c[i-1][j-1]+1;
                     b[i][j] = 1;
                 }
                 else if (c[i-1][j] > c[i][j-1])
                 {
                     c[i][j] = c[i-1][j];
                     b[i][j] = 2;
                 }
                 else if(c[i-1][j] <= c[i][j-1])
                 {
                     c[i][j] = c[i][j-1];
                     b[i][j] = 3;
                 }
             }
         }
      return c[xlen][ylen];
     }
     
    void Display_Lcs(int i, int j, string x, int b[][Y+1],int current_Len)
     {
         if (i ==0 || j==0)
         {
             return;
         }
         if(b[i][j]== 1)
         {
             current_Len--;
             result[current_Len]=x[i- 1];
             Display_Lcs(i-1, j-1, x, b, current_Len);
         }
         else if(b[i][j] == 2)
         {
             Display_Lcs(i-1, j, x, b, current_Len);
         }
         else if(b[i][j]==3)
         {
              Display_Lcs(i, j-1, x, b, current_Len);
         }
         else
{ Display_Lcs(i-1,j,x,b, current_Len); } } int main(int argc, char* argv[]) { string x = "ABCBDAB"; string y = "BDCABA"; int xlen = x.length(); int ylen = y.length(); int b[X + 1][Y + 1]; int lcs_max_len = Lcs_Length( x, y, b, xlen,ylen ); cout << lcs_max_len << endl; Display_Lcs( xlen, ylen, x, b, lcs_max_len ); //打印结果如下所示 for(int i = 0; i < lcs_max_len; i++) { cout << result[i]; } cout << endl; return 0; }

 运行结果如下:

4
BDAB

 

由于有时并不是只有一个最长公共子序列,所以,对上面的代码进行改进,增加一个数组保存结果等....代码如下所示。

//求取所有的最长公共子序列
    #include <iostream>
    using namespace std;
     
     const int X = 100, Y = 100;        //串的最大长度
     char result[X+1];                    //用于保存结果
     int cnt = 0;                        //用于保存公共最长公共子串的个数

     /*功能:计算最优值
      *参数:
      *        x:字符串x
      *        y:字符串y
      *        b:标志数组
      *        xlen:字符串x的长度
      *        ylen:字符串y的长度
      *返回值:最长公共子序列的长度
      *
      */
     int Lcs_Length(string x, string y, int b[][Y+1],int xlen,int ylen)
     {
         int i = 0;
         int j = 0;

         int c[X+1][Y+1];
         for (i = 0; i<=xlen; i++)
         {
             c[i][0]=0;
         }
         for (i = 0; i <= ylen; i++ )
         {
             c[0][i]=0;
         }
         for (i = 1; i <= xlen; i++)
         {
            
             for (j = 1; j <= ylen; j++)
             {
                 if (x[i - 1] == y[j - 1])
                 {
                     c[i][j] = c[i-1][j-1]+1;
                     b[i][j] = 1;
                 }
                 else if (c[i-1][j] > c[i][j-1])
                 {
                     c[i][j] = c[i-1][j];
                     b[i][j] = 2;
                 }
                 else if(c[i-1][j] < c[i][j-1])
                 {
                     c[i][j] = c[i][j-1];
                     b[i][j] = 3;
                 }
                 else
                 {
                     c[i][j] = c[i][j-1]; //或者c[i][j]=c[i-1][j];
                     b[i][j] = 4;
                 }
             }
         }
       return c[xlen][ylen];
     }
     
     /*功能:计算最长公共子序列
      *参数:
      *        xlen:字符串x的长度
      *        ylen:字符串y的长度
      *        x    :字符串x
      *        b:标志数组
      *        current_len:当前长度
      *        lcs_max_len:最长公共子序列长度
      *
      */
     void Display_Lcs(int i, int j, string x, int b[][Y+1],int current_len,int lcs_max_len)
     {
         if (i ==0 || j==0)
         {
             for(int s=0; s < lcs_max_len; s++)
             {
                 cout << result[s];
             }
             cout<<endl;
             cnt++;
             return;
         }
         if(b[i][j]== 1)
         {
             current_len--;
             result[current_len]=x[i- 1];
             Display_Lcs(i-1, j-1, x, b,current_len,lcs_max_len);
         }
         else if(b[i][j] == 2)
         {
             Display_Lcs(i-1, j, x, b,current_len,lcs_max_len);
         }
         else if(b[i][j]==3)
         {
             Display_Lcs(i, j-1, x, b,current_len,lcs_max_len);
         }
         else
         {
             Display_Lcs(i,j-1,x,b,current_len,lcs_max_len);
             Display_Lcs(i-1,j,x,b,current_len,lcs_max_len);
         }
     }
     
     int main(int argc, char* argv[])
     {
         string x = "ABCBDAB";
         string y = "BDCABA";
         int xlen = x.length();
         int ylen = y.length();

         int b[X + 1][Y + 1];

         int lcs_max_len = Lcs_Length( x, y, b, xlen,ylen );
         cout << lcs_max_len << endl;

         Display_Lcs( xlen, ylen, x, b, lcs_max_len, lcs_max_len );
         cout << "共有:" << cnt << "";

         return 0;
     }

 

运行结果如下

4
BDAB
BCAB
BCBA
共有: 3

 

 

 

 /****************************************

     update

 ****************************************/

示例:

#include <iostream>
using namespace std;
#define X_LEN  7
#define Y_LEN  6
#define EQUAL  0
#define UP    1
#define LEVEL  2
void lcs_length(char* X,char* Y,int c[X_LEN+1][Y_LEN+1],int b[X_LEN+1][Y_LEN+1]);
void print_lcs(int b[X_LEN+1][Y_LEN+1],char *X,int i,int j);

int main()
{
    char X[X_LEN+1] = {' ','A','B','C','B','D','A','B'};
    char Y[Y_LEN+1] = {' ','B','D','C','A','B','A'};
    int c[X_LEN+1][Y_LEN+1]={0};
    int b[X_LEN+1][Y_LEN+1] = {0};
    int i,j;
    lcs_length(X,Y,c,b);
    for(i=0;i<=X_LEN;i++)
    {
         for(j=0;j<=Y_LEN;j++)
            cout<<c[i][j]<<" ";
        cout<<endl;
    }
    cout<<"The length of LCS is: "<<c[X_LEN][Y_LEN]<<endl;
    cout<<"The longest common subsequence between X and y is: "<<endl;
    print_lcs(b,X,X_LEN,Y_LEN);
    return 0;
}
//采用动态规划方法自底向上的进行计算,寻找最优解
void lcs_length(char* X,char* Y,int c[X_LEN+1][Y_LEN+1],int b[X_LEN+1][Y_LEN+1])
{
    int i,j;
    //设置边界条件,即i=0或者j=0
    for(i=0;i<X_LEN;i++)
        c[i][0] = 0;
    for(j=0;j<Y_LEN;j++)
        c[0][j] = 0;
    for(i=1;i<=X_LEN;i++)
        for(j=1;j<=Y_LEN;j++)
        {
            if(X[i] == Y[j])   //满足递归公式第二条
            {
                c[i][j] = c[i-1][j-1]+1;
                b[i][j] = EQUAL ;
            }
            else if(c[i-1][j] >= c[i][j-1])  //递归公式第三条
            {
                c[i][j] = c[i-1][j];
                b[i][j] = UP;
            }
            else
            {
                c[i][j] = c[i][j-1];
                b[i][j] = LEVEL;
            }
        }
}
void print_lcs(int b[X_LEN+1][Y_LEN+1],char *X,int i,int j)
{
    if(i==0 || j==0)
        return;
    if(b[i][j] == EQUAL)
    {
        print_lcs(b,X,i-1,j-1);
        cout<<X[i]<<" ";
    }
    else
        if(b[i][j] == UP)
            print_lcs(b,X,i-1,j);
    else
        print_lcs(b,X,i,j-1);
}

结果:

 

 

 

posted @ 2015-06-11 21:26  蚂蚁吃大象、  阅读(444)  评论(0编辑  收藏  举报