04 2021 档案

摘要:》TCGA条形码 TCGA-02-0001-01C-01D-0182-01 项目名称 --> 组织来源中心 -->科研参与者 -->(01-09癌症,10-19正常,20-29control)+ 此样本从哪个瓶中取 --> 对上一步瓶中样本再次分+分子分析类型(D-DNA测序) --> 检测平板的孔 阅读全文
posted @ 2021-04-30 14:59 jcfaieng 阅读(95) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口,能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库 这个·包可以做以下几个工作 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因s; 2.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的GO注释。反之,给定相关的GO注 阅读全文
posted @ 2021-04-24 22:26 jcfaieng 阅读(395) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:org.Hs.eg.db安装成功,但加载时失败: 先运行options(connectionObserver = NULL)命令,后继续加载此包可成功 阅读全文
posted @ 2021-04-24 18:20 jcfaieng 阅读(855) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:有的时候我们将某字符串代入函数时需要去掉引号,比如:"ABCA1"中我们只需要用到ABCA1,此时我们可直接用as.name函数去掉引号 实例: 阅读全文
posted @ 2021-04-23 14:15 jcfaieng 阅读(5991) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1. HGMD(The Human Gene Mutation Database)http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php 这个数据库全面收集了引起人类遗传疾病或与人类遗传疾病相关的细胞核基因突变信息,信息相对较全,但注册必须使用官方邮箱 HGMD收集的数据包括了单 阅读全文
posted @ 2021-04-23 10:02 jcfaieng 阅读(394) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1. cBio数据库 (https://www.cbioportal.org/) 此数据库信息相对较全,日常可用 左侧区域是各种癌症组织的研究,数字表示某肿瘤中研究个数。 中间是所有研究,可根据左侧栏选择,默认显示全部。小书的图标点开可以下载pubmed文献资源及数据; 饼图图标可以看某癌症详细分类 阅读全文
posted @ 2021-04-23 09:41 jcfaieng 阅读(272) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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