RNA结构预测工具及数据库

RNA结构预测
一、核酸结构数据库
1.NDB
http://ndbserver.rutgers.edu/
2.URSDB
http://server3.lpm.org.ru/urs/
3.bpRNA-1m
http://bprna.cgrb.oregonstate.edu/index.html

二、核酸结构预测
序列获取

二级结构预测
1.mfold
http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold
ViennaRNA
2.RNAalifold
http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAalifold.cgi
3.RNAfold
http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
RNAstructure
4.TurboFold
http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/Servers/TurboFold/TurboFold.html
5.Fold
http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/Servers/Fold/Fold.html

三级结构预测
1.Vfold3D(短序列）
http://rna.physics.missouri.edu/vfold3D/
2.3dRNA（长）
http://biophy.hust.edu.cn/3dRNA
3.RNAComposer（长） 《Jmol/Pymol两个小工具可以打开工具的结果文件（pdb)-这个文件要保存好，最后可以与真实结构比对》
http://rnacomposer.ibch.poznan.pl/
4.MC-SYM（长）
https://major.iric.ca/MC-Sym/
5.SimRNA（比较慢）
https://genesilico.pl/SimRNAweb/

 

步骤：

1.查找RNA序列（>20nt，标明ID）
2.使用两种工具预测二级结构
3.与数据库中的真实二级结构进行比较（统计相同茎结构的比例）
4.使用两种工具预测三级结构

5.与数据库中真实三级结构比较