Biztalk Server 2009也被称为BizTalk 2006 R3，属于一个小Release。这个版本主要是为了兼容Windows 2008, SQL Server 2008, Visual Studio 2008而发布的，不支持VS 2005。在该版本中，BAS,HWS,MSMQT,ODBA组件被删除。新版本中包含下面的2个新功能。
1. 支持MSBuild部署Biztalk Project
在安装过程中选择安装"Project Build Component"，所有的构件属于C# Project
2. 支持Debugging Maps
在btm的右键菜单中，增加了"Debug Map"
