作业2-1：矩阵协方差
备注：待亲手实验
讲评：
（1）编译器参数：
改makefile
1.降精度 -O3：精度误差累加可能会出错
2.xHost：intel编译优化，告诉编译器生成编译主机处理器上可用的最高指令集的指令。无脑加就行。
3.开向量模块（intel编译器）
修改过的makefile
FC=ifort LD= ifort FFLAGS= -qopenmp -mcmodel=large -O3 -xHost //增加 -O3 -xHost main.b: main.o Covariance1.o Covariance.o check.o ${FC} ${FFLAGS} main.o Covariance1.o Covariance.o check.o -o main.b main.o: main.f90 ${FC} ${FFLAGS} -c main.f90 Covariance1.o: Covariance1.f90 ${FC} ${FFLAGS} -c Covariance1.f90 Covariance.o: Covariance.f90 ${FC} ${FFLAGS} -c Covariance.f90 check.o: check.f90 ${FC} ${FFLAGS} -c check.f90 clean: rm -rf *.o *.i main
（2）改代码
1.函数inline可以跨文件，直接拷过来
2.fortran：列优先，若代码为行逻辑则考虑先矩阵转置（可并行可分块，按cache层）；
fortran语言：先声明，后申请空间（数组），然后才是语句
修改后converiance代码SUBROUTINE FindCOV(NVAR, NROW, NV, M1Type, COV)
IMPLICIT NONE INTEGER, INTENT(IN) :: NVAR !Number of variables INTEGER, INTENT(IN) :: NROW !Number of rows in MType INTEGER, INTENT(IN) :: NV !Number of cals in MType REAL*8, INTENT(IN) :: M1Type(NVAR, NROW) !Data used to calculate covariance REAL*8, INTENT(INOUT) :: COV(NVAR, NV) !Covariance matrix, output INTEGER :: IVar1 INTEGER :: IVar2 INTEGER :: I2 REAL*8, ALLOCATABLE::MType(:, :)//数组声明 REAL*8,EXTERNAL :: Covariance ALLOCATE(MType(NROW, NVAR))//数组申空间 !$OMP PARALLEL DO private(IVar1,IVar2) shared(M1Type, MType) schedule(guided) //并行，每个并行块都要写 DO IVar1 = 1, NVAR//数组转置 DO IVar2 = 1, NROW MType(IVar1, IVar2) = M1Type(IVar2, IVar1) ENDDO ENDDO !$OMP END PARALLEL DO !$OMP PARALLEL DO private(IVar1,IVar2,I2) shared(NVAR,COV,MType) schedule(guided) //并行 加调度参数 DO IVar1 = 1, NVAR DO IVar2 = 1, NV I2 = mod(IVar1 + IVar2 - 1, NVAR) + 1 COV(IVar1, IVar2) = Covariance(NROW, MType(:,IVar1), MType(:,I2))//正确遍历：列优先
//fortran冒号：隐含遍历
ENDDO ENDDO !$OMP END PARALLEL DO RETURN END SUBROUTINE FindCOV !DEC$ ATTRIBUTES FORCEINLINE :: Covariance REAL*8 FUNCTION Covariance(NObs, X1, X2) IMPLICIT NONE INTEGER, INTENT(IN) :: NObs REAL*8, INTENT(IN) :: X1(NObs) REAL*8, INTENT(IN) :: X2(NObs) INTEGER :: IObs, NumMissing REAL*8 :: MeanX1, MeanX2 LOGICAL :: IsMissingPheno//将外面的函数拷进来，删掉external，一开始把external的函数忽略了。。 NumMissing=0 MeanX1=0.0 MeanX2=0.0 Covariance=0.0 !!$OMP PARALLEL DO private(Iobs) shared(Covariance, X1, X2, NObs) schedule(guided) DO IObs=1, NObs IF(ISNAN(X1(IObs)) .OR. & //IsMissngPheno的展开 ISNAN(X2(IObs)) .OR. & ABS(X1(IObs)-65.0) .LE. 1.e-03 .OR. ABS(X2(IObs)-65.0) .LE. 1.e-03) THEN NumMissing=NumMissing+1 ELSE MeanX1=MeanX1+X1(IObs) MeanX2=MeanX2+X2(IObs) Covariance=Covariance+X1(IObs)*X2(IObs) ENDIF ENDDO !!$OMP END PARALLEL DO MeanX1=MeanX1/(NObs-NumMissing) MeanX2=MeanX2/(NObs-NumMissing) IF(NObs-NumMissing .LE. 0) THEN Covariance=0.0 ELSE Covariance=Covariance/(NObs-NumMissing)-MeanX1*MeanX2 ENDIF RETURN END FUNCTION Covariance
经过：
（1）将本地文件传到服务器：使用pscp显示unreachable。下载xshell 使用rz传：
https://blog.csdn.net/weixin_37909391/article/details/80530575
下载完xshell觉得很好看，我要舍弃putty了。
（2）解压zip：unzip+名字
https://www.cnblogs.com/zdz8207/p/3765604.html
（3）运行，需要编译。f90是fortran，需要ifort编译。
按ifort：服务器上有
使用命令： module load intel/2017.6.064 （module：环境模块 http://blog.sciencenet.cn/blog-468005-920774.html）
如何编译：http://blog.sciencenet.cn/blog-1982759-890635.html ：
1.直接生成可执行文件 假如我们手头上有一个intel的fortran编译器进行编译，就要采用如下命令： ifort global.f90 main.f90 function1.f90 subrouine1.f90 这样会自动生成文件a.out，这是一个可执行文件。 如果想让生成的可执行程序有一个名字，将命令改成 ifort -o execname global.f90 main.f90 function1.f90 subrouine1.f90 即可。 输入命令 ./execname 即可执行该程序。
这个题的readme写了直接make就行。一开始make报错是因为没有load ifort，load完直接make就可以了。运行要等好久，我还以为卡了。。
（4）安装VTune：
教程：https://blog.csdn.net/WY_stutdy/article/details/79106501
注册试用版最多需要两天，还要等。
