摘要： APBC介绍 亚太生物信息学大会（Asia Pacific Bioinformatics Conference, APBC）是一年一度的行业国际盛会，汇聚区域间生物信息学领域的学者、研究人员和产业领导者，共同探讨生物信息学领域的研究进展、技术发展和应用创新。自2003年开始，APBC在亚太地区已成功 阅读全文

摘要： 全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法，以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时，通常需要使用专门的比对工具，因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。 以下是四个不同的WGBS比对分析流程： Bismark：Bismark是一个基于Bowtie2或H 阅读全文

摘要： Sentieon开发的Hap-eval准确率评估工具在设计之初就考虑到了复杂以及重复的基因组区域，采用了基于单倍型拼接序列的矩阵比较模式，兼容包括PacBio和ONT在内的主流三代长读长测序数据。另外值得一提的是，Hap-eval基于python所写，运行效率非常高，速度快，非常适用于大规模分析场景。 阅读全文

摘要： 开源 Python 和命令行程序 gget 可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。 gget 与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用 ，以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然 gget 模块的灵感来自于繁琐的单细胞 RNA-seq 数据分析任务），但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。 阅读全文

摘要： Sentieon软件是通过改进算法模型实现性能加速(纯CPU环境，支持X86/ARM)，不依赖于昂贵高功耗的专用硬件配置（GPU/FPGA），不依赖专有编程语言；同时Sentieon软件针对几乎所有的短读长和长读测序平台进行了优化，是FDA多次公开挑战赛的连续赢家。本次评测展现了Sentieon软件在Intel Xeon平台上的卓越性能，是基因组二级分析的最佳解决方案。 阅读全文