Comparative Analysis of Quantitative Mass Spectrometric Methods for Subcellular Proteomics（亚细胞蛋白质组学定量质谱方法的比较分析）

文献名：Comparative Analysis of Quantitative Mass Spectrometric Methods for Subcellular Proteomics（亚细胞蛋白质组学定量质谱方法的比较分析）

期刊名：Journal of Proteome

发表时间：2020年3月6日

原文链接（DOI）：10.1021/acs.jproteome.9b00862

影响因子：3.86

样品类型：小鼠肝胞组织

技术：亚细胞（细胞器）蛋白组学

 

一、 概述：

本研究选取小鼠肝组织的亚细胞分馏产物为实验样本，使用TMT-MS2、TMT-MS3、MS1、DIA四种策略进行蛋白组学分析，通过比较找到最具使用价值的蛋白组学鉴定方法。结果表明虽然TMT-MS2方法的精确动态范围比较窄，但可以鉴定到最多的蛋白，且可量化数据缺失值最低。

二、研究背景：

 

 

亚细胞蛋白组学研究是将细胞的各种细胞器通过差速离心分离开来，然后对每个组分进行蛋白质组学分析，以此更加清楚的了解细胞中细胞器的蛋白分布和状态。目前已有大量的亚细胞结构蛋白组学研究经验，使用的质谱鉴定策略有TMT-MS2、TMT-MS3、DIA、MS1。本研究采用此四种方法对不同细胞器分馏产物进行蛋白质组分析，比较哪一种方法具有更好的表现。与传统的蛋白质组学不同，在评价数据结果时，亚细胞蛋白组学结果的评价除了需要考虑质量精确度和蛋白质鉴定数外，还需要考虑蛋白定位准确度。拥有更好的质量精确度、更高的蛋白鉴定数、更精确的蛋白质定位的蛋白质鉴定方法才是最好的亚细胞蛋白质组学分析方法。

 

 

三、实验设计：

 

 

 

四、研究成果：（重点图表展示）

1、在蛋白质和多肽鉴定数方面：TMT-MS2和MS1的表现优于TMT-MS3和DIA，其中TMT-MS2具有最高的蛋白质鉴定数7940个。

 

 

2、在同等蛋白定位精度下，TMT-MS2方法鉴定到蛋白数最多。随着蛋白定位精度的提高，TMT-MS2方法鉴定数表现最稳定。

 

3. TMT-MS2方法的质量精确区间较低，相比较于其他三种方法。

 

 

 

4. 比较四种方法，在质量精确度表现上和精确范围上，TMT-MS3、MS1、DIA具有更好的表现；在蛋白质鉴定数上，TMT-MS2鉴定数最高，DIA鉴定数最低；在蛋白定位准确性上，除MS1外，其他三种方法都具有很好的表现。值得注意的是，在进行亚细胞蛋白组学研究中，蛋白定位与蛋白鉴定数是最重要的因素，其次是质量精确度。总体来看，标签质谱法表现优于非标记法，在标记法中，TMT-MS2因为更高的蛋白鉴定数和相等同的蛋白定位能力而优于TMT-MS3，是展开亚细胞蛋白组学更适用的方法。

 

五、文章亮点（结论讨论）：

1.将四种常见方法，在蛋白定位准确性、蛋白鉴定数和质量精度范围进行比较，筛选出更具普适性的方法，为后续亚细胞蛋白组研究提供依据

2.首次对DIA进行亚细胞蛋白组学评价

3.首次将蛋白定位准确性作为方法评价的标准

 

阅读人：陈浩