Proteomic Profiling of Paired Interstitial Fluids Reveals Dysregulated Pathways and Salivary NID1 as a Biomarker of Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma （解读人：张聪敏）
文献名：Proteomic Profiling of Paired Interstitial Fluids Reveals Dysregulated Pathways and Salivary NID1 as a Biomarker of Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma（口腔癌配对肿瘤组织液的蛋白质组学分析揭示了通路失调和唾液中NID1作为口腔腔鳞状细胞癌的生物标志物）
期刊名：Molecular & Cellular Proteomics
发表时间：（2019年10月）
单位：
- 长庚大学
- 国立中兴大学
物种：10对配对的癌性（TIF）和相邻的非癌性（NIF）间质样品
技术：GeLC-MS / MS
一、 概述：（用精炼的语言描述文章的整体思路及结果）
本研究使用GeLC-MS / MS技术，收集和分析了来自10例口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者的成对的组织间质液（TIF）和相邻的非癌性（NIF）组织的蛋白质组。基因集富集分析（GSEA）显示差异表达的TIF蛋白与氨酰基tRNA生物合成途径高度相关。此外，选择了nidogen-1（NID1）作为OSCC生物标记物进行验证。OSCC患者的唾液NID1水平显着高于健康个体和患有口腔潜在恶性疾病的受试者。IHC分析表明，与邻近的非癌性上皮相比，OSCC组织中的NID1水平升高。重要的是，NID1水平升高与OSCC的晚期阶段以及OSCC患者的不良生存率相关。总的来说，这些结果表明，TIF分析有助于理解OSCC微环境，唾液NID1可能是OSCC的有用生物标记物。
二、 研究背景：（简要介绍研究进展动态、研究目的和意义）
口腔鳞状细胞癌（OSCC）1经常在晚期被诊断出来，导致患者高死亡率。OSCC患者持续的不良存活主要归因于晚期诊断，这表明早期发现OSCC仍然是改善疾病结局和治疗的最有效策略之一。
肿瘤组织间质液（TIF）是体内浸润肿瘤微环境的近端液体，因此富含无数癌症相关分子，这表明从OSCC剖析TIF蛋白质组可以大大改善对疾病的了解。迄今为止，已经分析了各种癌症类型的TIF蛋白质组，包括乳腺癌，肝脏，肾脏，卵巢，宫颈癌，肺癌和结直肠癌。但是，OSCC的TIF蛋白质组的特征仍然很差。
为了探索肿瘤微环境以加速OSCC生物标志物的鉴定，在本研究中，从10位OSCC患者中收集了成对的肿瘤组织间质液和邻近的非癌性上皮（NIF）组织。使用GeLC-MS / MS分析TIF和NIF蛋白质组，并与基于光谱计数的定量进行比较。基因集富集分析（GSEA）显示，在TIF中差异表达的蛋白质与氨酰基tRNA生物合成途径高度相关。在TIF水平升高的蛋白质中，选择了nidogen-1（NID1）作为OSCC的潜在生物标志物进行验证。与健康志愿者和患有口腔潜在恶性疾病（OPMD）的个体相比，OSCC患者的唾液NID1水平显着增加。此外，免疫组织化学（IHC）分析表明，升高的NID1水平与晚期OSCC分期以及患者生存期差有关。总体而言，结果表明TIF蛋白质组分析有助于了解OSCC微环境，唾液NID1可能是OSCC的有用生物标记。
三、实验设计：
四、研究成果：（重点图表展示）
1、10对OSCC患者的TIF和NIF样品的蛋白质组分析：根据如图所示的实验策略，本研究在10对OSCC患者的TIF和NIF样品中共鉴定到3313个非冗余蛋白（TIF和NIF分别为3068和2242个蛋白）。每个TIF和NIF样品中鉴定出的蛋白质的平均数分别为1726和1142个。
2、TIF和NIF样品中鉴定出的蛋白质的基因集富集分析：结果显示差异表达的TIF蛋白与氨酰基tRNA生物合成途径高度相关。在OSCC组织中通过免疫组织化学（IHC）验证了参与氨酰基tRNA生物合成的4种蛋白质（IARS，KARS，WARS和YARS）的水平升高。
3、基于光谱计数的定量发现OSCC生物标志物：经过一系列评判标准，本研究最终选择了两个候选物NID1和SERPINH1作为OSCC的唾液生物标记物进行进一步验证。
4、OSCC患者唾液样本中NID1的水平升高：如图所示，与健康对照组和OPMD组相比，OSCC患者的唾液NID1水平显着升高。OSCC患者的唾液SERPINH1水平显着高于健康对照组，但与OPMD个体的唾液SERPINH1水平没有统计学差异。
5、NID1水平升高与OSCC的晚期阶段以及OSCC患者的不良生存率相关。
总之，收集并分析了来自OSCC患者的配对TIF和NIF，以构建蛋白质组数据集。本研究是迄今为止OSCC微环境中最全面的蛋白质组数据集。数据集挖掘发现，氨酰基tRNA生物合成途径富含OSCC，唾液NID1是OSCC的潜在生物标记。本研究共同证明了分析TIF样品在了解OSCC微环境和鉴定唾液生物标志物中的实用性。
五、文章亮点（结论讨论）：
1、口腔癌组织间液（TIF）的蛋白质组分析。
2、富含TIF蛋白质组的氨酰基tRNA生物合成途径。
3、验证nidogen-1作为口腔癌的唾液生物标志物。
4、Nidogen-1的组织水平升高与不良生存之间的高度相关性
阅读人：张聪敏
