搭建高性能计算环境（八）、应用软件的安装之gromacs

1，下载安装新版本的gcc（高版本的gcc只是推荐使用的，系统自带的gcc4.4照样能正常编译、运行）

wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.8.2/gcc-4.8.2.tar.bz2
tar xvf gcc-4.8.2.tar.bz2
cd gcc-4.8.2
./contrib/download_prerequisites
mkdir build
cd build
../configure --prefix=/opt/gcc-4.8.2  --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release  --enable-languages=c,c++,fortran
make  此处可以使用make -j4进行4核并行编译，提高速度。根据机器配置需要耗费时间不同，大概需要1个多小时。
make install

安装完成后设置环境变量(/etc/profile)，需要重新登录后才起作用。

export PATH=/opt/gcc-4.8.2/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.8.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.8.2/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

2，下载安装fftw

wget http://fftw.org/fftw-3.3.4.tar.gz
tar xvf ~test/fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4
./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-float  --enable-shared
make
make install

3,下载安装cmake

wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.12.2.tar.gz
tar xvf cmake-2.8.12.2.tar.gz
cd cmake-2.8.12.2
./configure --prefix=/opt/cmake-2.8.12.2
gmake
gmake install

安装完成后设置环境变量(/etc/profile)，需要重新登录后才起作用。

export PATH=/opt/cmake-2.8.12.2/bin/:$PATH

4，下载安装gromacs

wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-5.0.2.tar.gz
tar xvf gromacs-5.0.2.tar.gz
cd gromacs-5.0.2
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.2 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw-3.3.4/lib/libfftw3f.so"  -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/opt/fftw-3.3.4/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/gcc-4.8.2/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/gcc-4.8.2/bin/g++  -DGMX_MPI=on -DGMX_GPU=on 
如果需要跨节点计算加上-DGMX_MPI=on，需要GPU支持加上-DGMX_GPU=on，需要提前配置好mpi和cuda环境
make –j4   并行编译
make install

安装完成后设置环境变量(/etc/profile)，需要重新登录后才起作用。

export PATH=/opt/gromacs-5.0.2/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gromacs-5.0.2/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

5，测试，验证安装成功

wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/ADH_bench_systems.tar.gz
tar xvf ADH_bench_systems.tar.gz
cd adh_cubic
grompp_mpi –f rf_verlet.mdp
mdrun_mpi
如果能够正常计算并结束，说明gromacs已经安装成功。