相比Windows Installer安装程序，ClickOnce的优势在于自动更新，以及安全性方面。
对于自动更新，可以在发布的时候配置，也可以直接以Code形式在代码里调用ApplicationDeployment API定制更新，非常灵活。
安全性方面，摘录MSDN上的一段话：
使用 ClickOnce 技术部署的应用程序运行在“沙箱”中，这些应用程序享有的权限受到安全区域的限制。下表列出基于部署位置的默认权限：
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部署位置 |
安全区域 |
|---|---|
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从 Web 运行 |
Internet 区域 |
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从 Web 安装 |
Internet 区域 |
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从网络文件共享安装 |
Intranet 区域 |
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从 CD-ROM 安装 |
完全信任 |
默认权限取决于部署初始应用程序版本的位置；应用程序的更新将继承这些权限。如果将应用程序配置为从 Web 或网络位置检查是否有更新且存在较新的版本，则初始安装可以获得 Internet 或 Intranet 区域的权限，而不是完全信任权限。如果不想让系统提示用户，系统管理员可以指定一个 ClickOnce 部署策略，将某个特定的应用程序发行者定义为受信任的来源。对于部署此策略的计算机，系统会自动授予权限而不会提示用户授予权限。
ClickOnce技术受客户端支持，也就是说，客户端必须安装.net framework2.0以上。而对服务器没啥要求，只要能放发布后的目录就行，并且要保证远程客户端能够下载发布的所有文件，比如在 Windows Server 2003 上使用 Internet 信息服务 (IIS)，并且部署中包含 Windows 不识别的文件类型，如 Microsoft Word 文件，则 IIS 将拒绝传输该文件，因而部署无法成功完成。
ClickOnce的自动更新下载的是Change Set程序集，而非所有程序集。我们都知道，VS已经集成了ClickOnce发布功能，但值得注意的是，该发布功能采用的Publish命令，而Publish命令是msbuild命令的超集，这意味着什么呢？即每次发布都将重新编译整个项目，也就是说，当你更新下一个版本的时候会下载全部程序集。显然，这违背了我们的初衷，因此引出了手动部署ClickOnce的概念，微软提供了mage.exe(mageui.exe)工具以支持手动部署ClickOnce应用程序，该工具的使用在MSDN上有详细的说明。
如果mageui.exe还不能满足需求，比如，在发布后要自动注册程序集的权限到远程服务，我们可以围绕mage命令开发一个适用的发布工具。
最后一点，手动发布的程序集在编译前必须勾上Enable ClickOnce Security Settings选项（在项目属性的Security选项卡中），否则在下载安装该程序集的时候会出现类似“Reference in the manifest does not match the identity of the downloaded assembly...”的错误提示
待发布项目中如果包含数据文件，ClickOnce在版本更新中是如何处理的呢？请参阅在 ClickOnce 应用程序中访问本地数据和远程数据
但是令人遗憾的是，手动部署ClickOnce并不能做到象VS的发布一样连同.net Framework一起发布，至少目前我还没找到相关解决方案。
如有疑问，请参阅ClickOnce 部署疑难解答
