摘要：
MEME 安装 我的一些基本环境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依赖 / MPICH安装 若需要并行计算的话，在安装MEME之前，需要先安装下面两个软件之一： OpenMPI from http://www.open-mpi.org MPICH from ht 阅读全文
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误删.bashr或者清空.bashrc怎么办 遇到这种情况不要慌，问题不大，不要乱操作，赶紧百度。 今天我本想追加一个环境变量。然后呢，少了个>,$PATH，我用了下面类似这命令 $ echo 'export PATH=/home/user/cmd/bin' > ~/.bashrc $ source 阅读全文
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Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于 阅读全文
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FastQC FastQC 是一个基于Java写的测序数据质量评估软件。因为是用跨平台的语言Java写的，自然而然FastQC应是可以在不同系统运行的了。不过也许大多时候我们还是在Linux服务器上用的多吧。 安装 安装软件，方便的还是通过conda了，一行命令： $ conda install - 阅读全文
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Aspera Linux 安装 conda 安装 在Linux上安装Aspera，方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda），在需要安装的环境下输入以下命令进行安装： $ conda install -c hcc aspera-cli -y 查看是否安装成功 # 有输出帮助文 阅读全文
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RStudio界面，由于下边控制台和右边变量显示区，导致实际编辑R代码的页面空间少了许多。若字体大小设大一些，可能编写不到50行页面就占满了。非常不利于观看。RStudio是提供了代码折叠的功能。但似乎并未直接提供多级折叠的功能。这里记录一些类似多级折叠的操作。 折叠 先介绍下两种折叠方式。 代码折 阅读全文
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Two Sample t-test 两样本t检验用于检验两个总体的均值是否相等。两总体都是未知的，且我们不想或不易测量出总体所有的个体，来求得总体均值。所以我们从总体中随机抽样得到样本。对两样本进行统计检验，来看两样本差异是否显著。 案例 若我们想知道两个不同物种的乌龟的平均重量是否相等。我们可以进 阅读全文
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One Sample t-test 单样本t检验用于检测一个总体的均值$\mu$是否等于某个特定值。通常该总体均值$\mu$，未知不易测量，我们通过抽样得到样本均数$\bar\(来代表总体均数\)\mu$。通常抽样存在一定误差，不太可能等于总体均数$\mu$，所以我们需要关注样本均数$\bar$与特 阅读全文
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问题 我在用rMATS turbo做可变剪切分析。然而运行程序发现输出结果文件里只有表头： 解决方法1 这个问题在软件github有几个issues提到过类似问题，如 most output files with only a header 说可能是由参数--readLength设置得和实际的rea 阅读全文
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DiffBind是基于peak的差异分析包，peaks由其他peak caller软件生成，如MACS2、HOMER.一个peak可能表示一个染色质开放区域、蛋白质结合位点等。call出来的peak是包含它的染色体、开始和结束位置信息的，然后可以通过bam文件根绝位置信息获取在peak上的read数 阅读全文