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安装 安装软件 pip install dna_features_viewer -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 代码 from dna_features_viewer import GraphicFeature, GraphicRecord s 阅读全文
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正文 Query ERROR: caught BioMart::Exception::Usage: Attributes from multiple attribute pages are not allowed 就如报错所说， 来源于多个attribute pages 的attributes 被设 阅读全文
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前言 在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper for GESA 阅读全文
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介绍 scRNAseq R 包提供了一个方便的方式来直接获取公共的单细胞数据。获取的单细胞数据以SingleCellExperiment 对象储存。 安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages(" 阅读全文
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使用conda install -c bioconda bowtie2安装成功后，在用bowtie2-build构建索引时，出现报错 bowtie2-build-s_ undefined symbol_ _ZN3tbb10interface78internal15task_arena_base19i 阅读全文
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一开始，我是想安装ggVennDiagram这个包的，但是因为units和sf这两个包安装失败，导致ggVennDiagram不能安装成功。 注：我是使用conda虚拟环境中的R 然后我就单独安装了units这个包，提示 configure: error: in `/tmp/RtmpxsCHZa/R 阅读全文
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GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基于树的集成学习算法，来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE3末尾的3并不是指GENIE的第三版本，而是因为通过法语口音来发音的话， tree 和 阅读全文
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前言 以我不多的的编程经验来看，R相比其他语言，可以很方便的保存以及加载变量。save可以指定多个变量来多个变量，save.image用于保存当前环境的全局变量。 运用函数，我们可以把经常运行的多行代码封装起来。运行时，直接调用函数，就可以一次执行多个操作。但是虽然我们用函数简单封装了个流程，大多情 阅读全文
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背景 当我们使用 CentriMo 进行motif 富集后，如采用下面的命令 $ centrimo -oc test test.500l.fa $meme_motif 会在test目录产生三个文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_counts.txt），用浏览器打开c 阅读全文
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原文 Gephi 鼠标悬浮显示标签 前言 最近在学习如何做网络图，了解到Gephi这款网络图神器，不用费劲就可以得到一个炫酷的网络图。关于Gephi网上教程也挺多的，不过有一个简单的需求如标题而言，需要鼠标悬浮到某个节点上然后再显示节点标签。就这个简单需求，我直接网上搜索，还没咋搜出来直接的答案。在 阅读全文