09 2022 档案

Scanpy源码浅析之tl.score_genes_cell_cycle
摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数tl.score_genes_cell_cycle用给定S phase 和 G2M phase的两个基因集，计算打分，然后根据得分分配细胞phase， 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:18 何物昂 阅读(973) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Scanpy源码浅析之pp.highly_variable_genes
摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.highly_variable_genes其源代码在scanpy/preprocessing 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:18 何物昂 阅读(1215) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Scanpy源码浅析之pp.calculate_qc_metrics
摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.calculate_qc_metrics其源代码在scanpy/preprocessing/ 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:17 何物昂 阅读(779) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Scanpy源码浅析之pp.normalize_total
摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 例子 函数pp.normalize_total用于Normalize counts per cell， 其源 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:16 何物昂 阅读(950) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Scanpy源码浅析之pp.filter_genes
摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.filter_genes 其源代码在scanpy/preprocessing/_simple 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:15 何物昂 阅读(276) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Scanpy源码浅析之pp.filter_cells
摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.filter_cells用于Filter cell outliers， 其源代码在scanp 阅读全文
posted @ 2022-09-11 21:14 何物昂 阅读(273) 评论(0) 推荐(0) 编辑
可变剪切位点强度计算[自用]
摘要：软件安装 # 安装bedtools conda install -c bioconda bedtools # 安装astk pip install git+https://github.com/huang-sh/astk.git@dev 剪切位点强度计算 支持 suppa2, rMATS输出 阅读全文
posted @ 2022-09-02 21:01 何物昂 阅读(246) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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