03 2021 档案
摘要:GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE3末尾的3并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话, tree 和
阅读全文
摘要:前言 以我不多的的编程经验来看,R相比其他语言,可以很方便的保存以及加载变量。save可以指定多个变量来多个变量,save.image用于保存当前环境的全局变量。 运用函数,我们可以把经常运行的多行代码封装起来。运行时,直接调用函数,就可以一次执行多个操作。但是虽然我们用函数简单封装了个流程,大多情
阅读全文
摘要:背景 当我们使用 CentriMo 进行motif 富集后,如采用下面的命令 meme_motif 会在test目录产生三个文件(centrimo.html,centrimo.tsv,site_counts.txt),用浏览器打开c
阅读全文
摘要:原文 Gephi 鼠标悬浮显示标签 前言 最近在学习如何做网络图,了解到Gephi这款网络图神器,不用费劲就可以得到一个炫酷的网络图。关于Gephi网上教程也挺多的,不过有一个简单的需求如标题而言,需要鼠标悬浮到某个节点上然后再显示节点标签。就这个简单需求,我直接网上搜索,还没咋搜出来直接的答案。在
阅读全文
摘要:MEME 安装 我的一些基本环境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依赖 / MPICH安装 若需要并行计算的话,在安装MEME之前,需要先安装下面两个软件之一: OpenMPI from http://www.open-mpi.org MPICH from ht
阅读全文
摘要:误删.bashr或者清空.bashrc怎么办 遇到这种情况不要慌,问题不大,不要乱操作,赶紧百度。 今天我本想追加一个环境变量。然后呢,少了个>, echo 'export PATH=/home/user/cmd/bin' > ~/.bashrc $ source
阅读全文