【meme-suite】 FATAL: Template does not contain data section

问题

运行meme-suite软件里的命令后，没有正确运行生成结果，给出以下错误

Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
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Bad file name.
Bad file name.
Bad file name.
FATAL: Template does not contain data section.

具体问题，我不清楚是什么造成的，或许某些依赖缺少，或许是meme-suite没有正确的安装成功吧。我在网上搜索，并没有很好的解决方法，大致都是重装之类的。这里总结一些方案，供大家参考吧。

解决方案

docker镜像

首先，建议大家直接使用meme-suite 的docker 镜像吧， 与其折腾这个错误，不如早点用镜像完成现有工作才是重点😂
不过要是没用过docker的，又要去折腾docker也是个麻烦事。。。

conda 安装

conda 创造一个新环境来安装meme-suite, 这个方案也是参考，反正对我没什么用。。。

conda install -c bioconda meme

conda+官方安装指南

参考Centrimo error: Template does not contain data section (biostars.org)， 也是用作参考，在我服务器上没用，但或许对你们的机器上有用

利用conda 安装meme-suite的一些依赖软件

- python >=3.0
- perl =5.22.0.1
- zlib
- ghostscript
- perl-xml-parser
- perl-yaml
- perl-xml-simple
- perl-html-template
- perl-cgi
- perl-html-parser
- perl-html-tree
- perl-math-cdf
- perl-log-log4perl
- perl-json
- perl-file-which

在conda环境下,安装官方安装指导，下载源码编译安装

DIR=/full/path/to/your/installation/dir

rm -f meme-5.3.0.tar.gz
rm -rf meme-5.3.0

wget http://meme-suite.org/meme-software/5.3.0/meme-5.3.0.tar.gz
tar zxvf meme-5.3.0.tar.gz
rm meme-5.3.0.tar.gz
cd meme-5.3.0

./configure --prefix=$DIR --with-url=http://meme-suite.org --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make clean
make &> make.log
make test &> test.log || true
make install &> install.log

export PATH=$DIR/bin:$DIR/libexec/meme-5.3.0:$PATH
meme-chip -version
tomtom -version

docker的安装指南

这是来源于meme-suite的 Dockerfile里的安装步骤，这个对我有用，就是安装时间有点长，
先安装一些系统依赖软件

apt-get update && apt-get install -y \
    libopenmpi-dev \
    openmpi-bin \
    ghostscript \
    libgs-dev \
    libgd-dev \
    libexpat1-dev \
    zlib1g-dev \
    libxml2-dev \
    autoconf automake libtool \
    libhtml-template-compiled-perl \
    libxml-opml-simplegen-perl \
    libxml-libxml-debugging-perl \
    sudo \
    openssh-server \
    wget \
    libxslt-dev

安装perl依赖包

PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install Log::Log4perl' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install Math::CDF'  && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install CGI' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install HTML::PullParser' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install HTML::Template' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Simple' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Parser::Expat' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::LibXML' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::LibXML::Simple' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::SOAP11' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::WSDL11' && \
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 perl -MCPAN -e 'install XML::Compile::Transport::SOAPHTTP'

在官网下载好源码，编译安装

tar zxf meme-5.4.1.tar.gz
cd meme-5.4.1
./configure --prefix=$HOME/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make
make test
make install

注意关注下make test的终端输出, 要是前面是FAIL 则，说明测试不通过，最后安装后，对应命令还是可能用不了的。

参考

https://meme-suite.org/meme/doc/install.html
https://github.com/pscedu/singularity-meme-suite/blob/master/5.4.1/Dockerfile
https://www.biostars.org/p/401084/