MEME Motif分析的并行运算
MEME 安装
我的一些基本环境
- CentOS 7.8
- Bash 4.2.46
- gcc 9.1.0
并行依赖 / MPICH安装
若需要并行计算的话，在安装MEME之前，需要先安装下面两个软件之一：
- OpenMPI from http://www.open-mpi.org
- MPICH from http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich
因为MPICH 有详细的文档，我们就安装它了！
这是下载页面：
https://www.mpich.org/downloads/
以3.2.1版本的为例：
下载解压
## 下载解压
wget https://www.mpich.org/static/downloads/3.2.1/mpich-3.2.1.tar.gz
tar xfz mpich-3.2.1.tar.gz
编译安装
cd mpich-3.2.1
## 先创建软件安装地址，比如我放在~/softeware/mpich-3.2.1下
mkdir ~/softeware/mpich-3.2.1
## configure 是解压的mpich-3.2.1里的文件
## 配置软件，指定安装目录
./configure -prefix=$HOME/software/mpich-3.2.1
## 编译安装
make
make install
若运行./configure出现以下问题时：
configure: error: F90 and F90FLAGS are replaced by FC and FCFLAGS respectively in this configure, please unset F90/F90FLAGS and set FC/FCFLAGS instead and rerun configure again.
可以在命令输入(适用于bash)
unset F90
unset F90FLAGS
然后重新运行。
设置环境变量
安装成功后，打开~/.bashrc文件，在末尾添加：
export PATH=$HOME/software/mpich-3.2.1:$PATH
export OMPI_MCA_btl_base_warn_component_unused=0 ## 避免运行MEME时出现警告信息
保存，然后source ~/.bashrc
运行
mpicc -v
返回mpicc版本信息，则暂时安装成功了。
MEME-suite安装
建议参考官网按照你的需求进行安装
https://meme-suite.org/meme/doc/install.html?man_type=web#quick
懒得跳转看的，这里粘贴下官网的说明（for Linux, OS X and Cygwin systems）：
去这里下载最新meme suite:
https://meme-suite.org/meme/meme-software/
## 下载软件，当前最新是5.3.3
wget https://meme-suite.org/meme/meme-software/5.3.3/meme-5.3.3.tar.gz
## 解压
tar zxf meme-5.3.3.tar.gz
cd meme-5.3.3
一定先安装mpich，因为./configure 这一步，会去寻找mpich可执行文件地址（上一步设置mpich环境变量，这里可以不用添加多余参数，如果没有需要指定--with-mpidir=MPI directory）
编译测试安装
./configure --prefix=$HOME/meme --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make
make test
make install
并行计算
MEME-suite 里的有些功能支持并行计算，不过大多都不支持。具体可以看命令的参数里是否提供了设置多进程计算的参数选项。
这里举meme-chip作为一个例子
meme-chip -meme-p 20 -oc example_out -db motif_databases/MOUSE/HOCOMOCOv11_full_MOUSE_mono_meme_format.meme test.fa
-meme-p就是设置多进程数, -db 后的参数是meme motif数据库文件，可以去这里下载想要的数据库
https://meme-suite.org/meme/doc/download.html
其他
conda 安装
安装命令：
$ conda install -c bioconda meme
但是可能在一个现有的conda环境中并不能安装成功，因为现有的一些包可能和meme的依赖包不兼容。可能会提示：
...
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
...
这时，可以考虑新建一个虚拟环境,来安装
$ conda create -n meme
$ conda activate meme
$ conda install -c bioconda meme
当前，截至本文发表时（20210302），个人不太推荐用conda. 因为conda安装的meme有点坑。这是个人观点，仅在一台服务器上测试过。也许对于其他人可能结果不一样。并且很可能在之后anaconda里的meme更新后，再安装可能并没有我遇到的问题。
我当前需要使用的是meme 中的meme-chip 和 CentriMo两个功能。meme-chip封装了motif discovery和motif enrichment 两个功能。CentriMo 单用于motif enrichment. 但是当前conda 安装的meme,没法使用meme-chip和CentriMo 。并且meme-chip 中的motif discovery 功能还在使用官网已经废弃的DREME。
参考
https://meme-suite.org/meme/doc/install.html
https://www.mpich.org/documentation/guides/
https://randroll.wordpress.com/2019/07/23/mpich-configure-error-unset-f90-f90flags/
