rMATS输出结果文件只有表头

问题#

我在用rMATS turbo做可变剪切分析。然而运行程序发现输出结果文件里只有表头：

解决方法1#

这个问题在软件github有几个issues提到过类似问题，如 most output files with only a header
说可能是由参数--readLength设置得和实际的read长度不符导致的。加个参数--variable-read-length即可。

解决方法2#

根据测序数据正确设置好-t 参数。单端数据使用 -t paired也是会导致没结果

其他情况#

要是上面那个方法没解决问题就麻烦了，我是被这折腾了很久了。。又不报错，但就是没结果。

我是在CentOS7服务器上安装的，从github里下载rMATS turbo v4.1.0源码，进入软件目录通过命令build：

./build_rmats --conda

激活rMATS创建的环境使用，
我使用从ENCODE上下的BAM文件（单端测序数据比对的BAM文件），按照软件文档给例子进行参数输入运行后，没结果。

试了几个数据，都不行。

然后我试着自己从fastq文件使用bowtie2比对得到BAM文件，然而还是不行。

无语的是，我用实验室自己比对的BAM文件（双端测序数据）来测试，tmd居然出结果了！（rMATS支持单双端数据的）

最后，我试着直接将fastq文件作为输入，运行rMATS程序，这次成功得出结果！！！

其他#

对于使用fastq文件作为rMATS输入的话，只能以fastq文本格式作为输入，不能以压缩格式。默认STAR工作线程数时4，而rMATS并未提供参数设置。
所以需要支持fastq.gz压缩文件和设置更多的线程数的话，需要编辑rmats.py文件的62行（可能有变动，以实际情况为准），添加修改STAR参数：

不过我更推荐将STAR比对的部分单独提出来写个脚本运行。

更新#

rmats当前最新版本是4.1.1
能自动识别后缀是不是gz。所以无需添加--readFilesCommand zcat参数了，以及可以设定线程数通过'--nthread' （github最新）